O Decreto Imperial nº 358, de 14 de agosto de 1845, autorizou o Governo a estabelecer uma Capitania dos Portos em cada província marítima do Império, com as atribuições específicas de Polícia Naval, conservação do porto, inspeção e administração dos faróis, balizamento, matrícula de gente do mar, tráfego de embarcações, praticagem, entre outros.

A Capitania dos Portos do Estado do Mato Grosso (CPMT) foi criada pelo Decreto Imperial nº 2762, de 16 de março de 1861. Temporariamente, extinta, em 1867, durante a Guerra da Tríplice Aliança, foi restabelecida em 1873. Em 04 de março de 1874, com a criação da Inspetoria do Arsenal de Marinha de Ladário, passou a funcionar anexa a esse elemento organizacional. Em 1907, foi transferida para o prédio nº 26 da Rua Antônio Maria e, em 1911, para o nº 111 da Ladeira José Bonifácio, ambas, em Corumbá-MS. Em 1945, foi instalada no nº 806, da Rua Delamare, endereço atual, em frente à Praça da República, no Centro de Corumbá-MS, num prédio construído para esse fim.

Em 1919, foram criadas as Agências de Cuiabá, Cáceres e Porto Murtinho, pela Portaria nº 621/83, do Ministro da Marinha.

Em 1978, a CPMT foi classificada como de 2ª Classe, pela Portaria n° 1.196, do Ministro da Marinha. Naquele ano, pelo Decreto nº 81.591 do Ministro da Marinha, a Capitania passaria a denominação de Capitania dos Portos dos Estados de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul (CPMTMS), a partir de 1º de janeiro de 1979. Em 1997, a CPMTMS passou a ser denominada Capitania Fluvial do Pantanal (CFPN).

A Portaria no 46, do Comandante de Operações Navais (ComOpNav), de 4 de maio de 2018, aprovou o estabelecimento das atuais áreas de jurisdição da CFPN e de suas organizações subordinadas.

Em 2018, pela Portaria nº 2 da Marinha do Brasil, a Agência Fluvial de São Félix do Araguaia tornou-se subordinada à Capitania Fluvial do Pantanal.

Em 2019, pela Portaria nº 9 da Marinha do Brasil, a Delegacia Fluvial de Cuiabá foi elevada a Capitania Fluvial de Mato Grosso (CFMT) e tornou-se subordinada diretamente ao Comando do 6º Distrito Naval. Em seguida, pela Portaria nº 10 da Marinha do Brasil, a Agência Fluvial de Cáceres e a Agência Fluvial de São Félix do Araguaia foram transferidas à subordinação da CFMT.

Atualmente, a Agência Fluvial de Porto Murtinho continua subordinada à Capitania Fluvial do Pantanal.

A Lei Complementar no 97, de 9 de junho de 1999, estabeleceu o marco legal, que fundamenta a atuação do Comandante da Marinha (CM) como Autoridade Marítima (AM), cujas atribuições foram estabelecidas, na Lei no 9.537, de 11 de dezembro de 1997 – Lei de Segurança do Tráfego Aquaviário (LESTA) – regulamentada pelo Decreto no 2.596, de 18 de maio de 1998 (RLESTA). Por delegações sucessivas, aprovadas pelas Portarias no 156/MB, de 3 de junho de 2004 e no 21/Com6oDN, de 31 de janeiro de 2005, somadas à já citada Portaria no 46/ComOpNav, foram atribuídas uma série de tarefas a esta Capitania, que serão vistas, a seguir.