A criação da Província do Amazonas, a abertura dos rios da região Amazônica a navios de outras nacionalidades e a introdução da navegação a vapor, que modernizou a frota de navios e reduziu, significativamente, a duração da viagem entre Belém e Manaus, fez com que o Senador Ribeiro da Luz, em meados do século XIX, preocupado com o controle do tráfego regional, propusesse ao imperador D. Pedro II, a criação da nossa Capitania. Assim, em decorrência da necessidade do serviço atinente à navegação, ao comércio e ao pessoal marítimo, foi estabelecida, em 1874, a Capitania do Porto do Estado do Amazonas, criada pelo Decreto nº 5.798 de 18 de novembro, tendo como sede a cidade de Manaus e como 1º Capitão do Porto o Capitão-de-Mar-e-Guerra Nuno Alves Pereira de Mello Cardoso, na ocasião 1º Vice-Presidente da Província do Amazonas. Hoje, é difícil de imaginar, mas a primeira tripulação da nova Capitania era constituída, tão somente, de um secretário, um encarregado de diligências, um patrão e seis remadores para operar dois escaleres, cujas responsabilidades eram de efetivo policiamento naval nos portos, inspeções em barcos, balizas, bóias e o ensino profissional dos tripulantes empregados na navegação interior

Em 1940, com a ampliação de sua área de jurisdição, passou a denominar-se Capitania dos Portos do Estado do Amazonas e Acre e, em 1951, com sua área novamente acrescida, passou a denominar-se Capitania dos Portos do Estado do Amazonas e dos Territórios do Acre, Guaporé e Rio Branco, tendo ocupado as instalações da antiga sede situada à Rua Marquês de Santa Cruz, nesta cidade.