O Decreto Imperial n.º 358, de 14 de agosto de 1845 autoriza o Governo "a estabelecer uma Capitania do Porto em cada Província Maritima do Império", com atribuições especificas de Policia Naval, conservação do porto, inspeção e administração dos farois, balizamento, matricula do pessoal do mar e do tráfego do porto e das costas, etc.
O Decreto n.º 531, de 11 de setembro de 1847 estabelece a Capitania do Porto de Santos na Província de Sao Paulo.
Pelo Decreto n.º 13.495 de 12/03/1919 e criada a Agência da Capitania dos Portos em São Sebastião, onde permaneceu ate 1924, quando teve sua sede transferida para o município de IlhaBela (então Formosa).
O Decreto n.º 6.530 de 20/11/1940 restabeleceu a sede da Agência em São Sebastião. Com a entrada em operação do Terminal Marítimo Almirante Barroso, foi elevada a categoria de Delegacia pelo Decreto n.º 68.379 de 19/03/1971, tendo se efetivado sua implantação a 18/07/1972. Pela Portaria n.º 1.196 de 28 de julho de 1978, do Exmº. Sr. Ministro da Marinha foi classificada como Delegacia de 1ª classe. Pela Portaria n.º 132 de 23 de fevereiro de 1989, do Exmº. Sr. Ministro da Marinha, foi fixada sua área de Jurisdição sobre os seguintes municipios:
- Aparecida
- Areias
- Arujá
- Bananal
- Biritiba-Mirim
- Cacapava
- Cachoeira Paulista
- Campos do Jordão
- Caraguatatuba
- Cruzeiro
- Cunha
- Guararema
- Guaratingueta
- Igarata
- IlhaBela
- Jacareí
- Jambeiro
- Lagoinha
- Lavrinha
- Lorena
- Mogi das Cruzes
- Monteiro Lobato
- Natividade da Serra
- Paraibuna
- Pindamonhangaba
- Piquete
- Queluz
- Redenção da Serra
- Roseira
- Salesopolis
- Santa Branca
- Santa Isabel
- Santo Antonio do Pinhal
- São Bento do Sapucaí
- São José do Barreiro
- São José dos Campos
- São Luis do Paraitinga
- São Sebastião
- Silveiras
- Taubaté
- Tremembé
- Ubatuba e no Litoral do Estado até limite da Praia de Boracéia.
A Delegacia da Capitania dos Portos do Estado de São Paulo em São Sebastião, teve seu Regulamento atual aprovado pela Portaria n.º 0035 do Estado-Maior da Armada, em 18 de agosto de 1988. Não há registros na OM de nomes dos Oficiais que ocuparam o cargo de Agente no Período de 1919 ate 26/08/1971.