O SIM tem o propósito de contribuir para a consecução das atividades gerenciais e de natureza técnico-profissionais inerentes à identificação e controle do pessoal de interesse da Marinha. Para a consecução de seu propósito, cabem ao SIM as seguintes tarefas:
I - confeccionar o Cartão de Identidade da Marinha do Brasil para todo o pessoal de interesse da Marinha;
II - coordenar e apoiar, como órgão Central do Sistema de Identificação, todos os Postos Locais de Identificação da Marinha (PLIM);
III - orientar o processo de identificação datiloscópica e criminal na Marinha;
IV - administrar o Curso Especial de Identificador Datiloscopista (C-Esp-ID);
V - promover a atualização dos estudos e pesquisas sobre identificação em geral;
VI - elaborar e aprovar, por delegação de competência do Diretor do Pessoal da Marinha, o Plano Anual de Identificação da Marinha, segundo necessidades apontadas pelos Postos Locais de Identificação;
VII - assessorar tecnicamente as Organizações Militares da Marinha, quanto à identificação em geral;
VIII - auxiliar, quando solicitado, os trabalhos de perícia datiloscópica de interesse da Marinha realizados pela Polícia Judiciária Militar dos Comandos dos Distritos Navais;
IX - elaborar os projetos específicos referentes à identificação de pessoal na Marinha;
X - conduzir os trabalhos de microfilmagem dos arquivos de identificação da Marinha;
XI - identificar o pessoal da Marinha Mercante, de acordo com as normas estabelecidas pela Marinha do Brasil; e
XII - manter atualizado o cadastro do pessoal militar e civil da Marinha, qualificado no Curso de Identificador Datiloscopista (C-Esp-ID) ou nos cursos correspondentes realizados nas demais Forças Armadas.
Em situação de mobilização, de conflito, estado de defesa, estado de sítio, intervenção federal e em regimes especiais, cabem ao SIM as tarefas que lhe forem atribuídas pelas Normas e Diretrizes referentes à Mobilização Marítima e as emanadas pelo Diretor do Pessoal da Marinha.