A criação das Capitanias dos Portos data do ano de 1845, quando o Imperador, por meio do Decreto nº. 358, de 14 de agosto daquele ano, autorizou ao Governo estabelecer uma Capitania dos Portos em cada província marítima do Império.

O terreno onde se situa a Capitania Fluvial de Porto Alegre (CFPA) foi desapropriado pela Carta Régia de 13 de março de 1797, destinado à construção de um Arsenal de Marinha, e, posteriormente, transformou-se em Delegacia da Capitania dos Portos, através do Aviso s/nº, de 15 de janeiro de 1848, sendo confirmado pelo Decreto nº 12.886, de 12 de fevereiro de 1918. Em 1933, o terreno dos fundos (onde fica a atual 3º Região Militar) foi adquirido pelo Ministério da Marinha à época. Entretanto, o terreno foi permutado, em 1938, com o então Ministério da Guerra que, em troca, iria construir um novo prédio. O antigo prédio foi demolido em 08 de fevereiro de 1940 e, em 16 de novembro do mesmo ano, foi inaugurado o atual edifício da Capitania dos Portos de Porto Alegre, voltado para a Rua dos Andradas, no Centro Histórico da cidade. Em 06 de janeiro de 2015, através da Portaria nº 6 do Comandante da Marinha, a Delegacia da Capitania dos Portos em Porto Alegre foi elevada à classificação de Capitania de 2ª Classe, passando-se a denominar Capitania Fluvial de Porto Alegre (CFPA). E em 8 de agosto de 2016, através da Portaria nº 238 do Comandante da Marinha, a Capitania Fluvial de Porto Alegre foi elevada à classificação de Capitania de 1ª Classe.