Ao Departamento de Pesquisas compete:

I - orientar, coordenar e controlar as atividades científicas, tecnológicas e de inovação nas áreas de Biotecnologia Marinha; Recursos Marinhos Vivos; Ecossistemas Marinhos; Produtos Naturais; Química Marinha; Geoquímica Ambiental; Corrosão; Geologia Marinha; Geofísica Marinha; Interação Oceano-Atmosfera; Dinâmica dos Oceanos; Dinâmica Costeira e Estuarina; Instrumentação Oceanográfica; Veículos Submersíveis; Propagação Acústica Submarina; Processamento de Sinais Acústicos Submarinos; Comunicações Submarinas; Geração de Imagens; e Processamento de Imagens; e

II - manter intercâmbio com entidades congêneres com o propósito de acompanhar o estado da arte e a evolução científica e tecnológica na sua área de atuação.