O Departamento de Oceanografia coordena junto ao IEAPM pesquisas de interesse da Marinha do Brasil e para o desenvolvimento científico do país nas três áreas abaixo:

• Geologia e Geofísica Marinha
• Interação Oceano Atmosfera
• Oceanografia Biológica
• Oceanografia Física
• Química e Geoquímica Ambiental Forense