O acervo bibliográfico é composto por livros, revistas, folhetos, trabalhos acadêmicos, cartas náuticas, anais de congressos, CD-ROMs, DVDs, entre outros. É especializado nas áreas de Ciências do Mar, com ênfase em Biologia e Biotecnologia Marinha para atender aos cursos de Mestrado e Doutorado do Instituto. Publicações histórico-culturais do IEAPM, da Marinha do Brasil (MB), das Forças Armadas e da Região dos Lagos, do Estado do Rio de Janeiro, também compõem o acervo da Biblioteca.
Para consultar o acervo clique aqui (http://www.redebim.dphdm.mar.mil.br/pergamum/biblioteca/index.php).

O catálogo online da Biblioteca (criar hiperlink para o site http://www.redebim.dphdm.mb/pergamum/biblioteca/index.php) é o resultado da catalogação cooperativa da Rede de Bibliotecas Integradas da Marinha (Rede BIM) e pode ser consultado em qualquer computador que possua Internet. As produções científicas dos pesquisadores do Instituto encontram-se catalogadas nesse sistema.

A incorporação de novas publicações ao acervo físico da biblioteca será feita mediante compra, permuta ou doação. A biblioteca reserva-se o direito de não receber doações que não atendam às suas finalidades. Sugestões de compras podem ser encaminhadas, via e-mail (biblioteca@ieapm.mar.mil.br) ou presencialmente.