A criação das Capitanias dos Portos data do ano de 1845, quando o Imperador, por meio do Decreto nº 358, de 14 de agosto, autorizou o Governo a estabelecer uma Capitania dos Portos em cada Província Marítima do Império. Em 12 de janeiro de 1848 o Império determinou a criação da Capitania dos Portos da Província de Sergipe, pelo Decreto nº 549.

Em 08 de julho de 1850 foi extinta, através do Decreto Imperial nº 680, e definitivamente, em 18 de outubro de 1854, foi restabelecida, pelo DecretoImperial nº 1861, permanecendo em atividade até a presente data

O primeiro Regulamento das Capitanias foi aprovado no ano de 1846, pelo Decreto nº 447, de 19 de maio, sendo substituído sucessivamente pelos Decretos nº 3334, de 5 de julho de 1899; nº 3929, de 29 de fevereiro de 1901; nº 6617, de 29 de agosto de 1907; nº 11505, de 4 de março de 1915; nº 16197, de 31 de outubro de 1923; nº 17096, de 28 de outubro de 1925; nº 24288, de 24 de maio de 1934; nº 220-A, de 3 de julho de 1935; nº 5798, de 11 de junho de 1940; nº 50059, de 25 de janeiro de 1961; nº 81105, de 21 de dezembro de 1977; pela Portaria nº 0035, de 18 de agosto de 1988, do Chefe do Estado-Maior da Armada e Portaria nº 0027, de 14 de maio de 1998, do Comandante de Operações Navais.

Revogada esta, as Capitanias dos Portos, Capitanias Fluviais, Delegacias e Agências passam a ter suas atividades e organizações estruturadas pelo presente Regulamento, aprovado pela Portaria nº 0004 de 31 de janeiro de 2000, do Comandante de Operações Navais. A Capitania dos Portos de Sergipe possuiu, em épocas distintas, Agências Subordinadas nas seguintes cidades: Riachuelo, São Cristóvão, Neópolis, Estância, Barra dos Coqueiros e Indiaroba. Esta Agências hoje estão desativadas.

A CPSE vem desenvolvendo múltiplas tarefas que vão desde aquelas relacionadas com sua atividade fim, ou seja cuidar da SEGURANÇA DA NAVEGAÇÃO, DA SALVAGUARDA DA VIDA HUMANA NO MAR E DA PREVENÇÃO DA POLUIÇÃO HÍDRICA até as necessárias à prestação de assistência médica e hospitalar aos pensionistas e inativos da Marinha no Estado de Sergipe, ao Ensino Profissional Marítimo com programas de treinamento nas diversas áreas de Pesca, e a Fiscalização do Tráfego Aquaviário. É a Marinha orientando o preparo e aplicação do Poder Marítimo.

A área de jurisdição da Capitania dos Portos de Sergipe compreende todo o Estado de Sergipe, desde o Rio São Francisco, ao norte, até o Rio Real, na divisa com o Estado da Bahia. São aproximadamente 163 Km de litoral e 250 Km de vias navegáveis, sendo as principais as dos Rios Sergipe, Vaza-Barris e Real. A Capitania dos Portos de Sergipe participa, ainda, de atividades comunitárias de caráter social, promovendo operações de Assistência Cívico-Social em povoados carentes do Estado de Sergipe.

É relevante notar que, em momento crucial na história do Brasil, a CPSE se fez presente na defesa do Estado de Sergipe, em 1945, no mês de agosto, no transcurso da 2º Guerra Mundial, navios da Marinha Mercante Brasileira foram torpedeados em nosso litoral, resultando na morte de incontáveis vidas civis. Ressalto que de acordo com historiadores, o Capitão dos Portos da época, Capitão de Corveta Gentil Homem Joaquim de Menezes, tomou a primeira ação na busca pelos navios, frente ao incomum atraso da chegada do Navio Aníbal Benévolo em Aracaju, solicitou apoio aos pilotos do Aeroclube de Sergipe, sendo encontrados assim os primeiros náufragos. Ademais, além das buscas pelos náufragos, a CPSE coordenava a segurança da costa do estado, organizando as ações de busca aérea realizada por pilotos do Aeroclube de Sergipe, militares brasileiros e norte-americanos.

Na área esportiva, promove competições em datas comemorativas da Marinha do Brasil, como forma de incentivar o congraçamento entre seus componentes e a Sociedade Sergipana. A Capitania dos Portos de Sergipe, sediada em Aracaju, é a única Organização Militar da Marinha do Brasil no Estado de Sergipe, e dedica-se integralmente à solução de problemas relacionados com o setor Marítimo.

A Capitania dos Portos de Sergipe está situada, atualmente, na Avenida Ivo do Prado nº 752, na margem direita do Rio Sergipe, onde foi instalada no início do século, onde, no passado, funcionou a extinta Escola de Aprendizes Marinheiros de Sergipe.

Hoje, após um século e meio, temos uma Capitania moderna, atualizada, eficiente e ágil no cumprimento da sua missão, tendo como meta proporcionar o melhor atendimento à Comunidade Marítima Sergipana.