A CPES tem o propósito de contribuir para a orientação, coordenação e controle das atividades relativas à Marinha Mercante e organizações correlatas no que se refere à  segurança da navegação, no mar aberto e nas hidrovias interiores, à defesa nacional, à salvaguarda da vida humana no mar  e à prevenção da poluição hídrica por parte de embarcações, plataformas e suas instalações de apoio na área de sua jurisdição.