Histórico
Art. 1° Inicialmente a Agência da Capitania dos Portos do Estado de Goiás, Tocantis e Distrito Federal em São Félix do Araguaia, criada, pela Portaria Ministerial n° 260 de 18 junho de 1996, funcionando em instalações construídas para esse fim situada no seguinte endereço: ua do Comércio, S/N , Centro, São Félix do Araguaia-MT.
Passou a denominar-se Agência Fluvial de São Féliz do Araguaia, pela Portaria Ministeria n° 150 de 16 de maio de 1997.
Ativada pela Ordem do Dia n° 4 de 30 de junho de 200, do Comandante de Operações Navais.
Em 23 de maio de 2018 foi transferida a subordinação para a Capitania Fluvial do Pantanal, na área de jurisdição do Comando do 6° Distrito Naval, de acordo com a Portaria n° 2/MB/2018.
Jurisdição
| MUNICÍPIO | UF | MUNICÍPIO | UF |
| ÁGUA BOA | MT | NOVO SANTO ANTÔNIO | MT |
| ALTO BOA VISTA | MT | PORTO ALEGRE DO NORTE | MT |
| BOM JESUS DO ARAGUAIA | MT | QUERÊNCIA | MT |
| CANABRAVA DO NORTE | MT | RIBEIRÃO CASCALHEIRA | MT |
| CANARANA | MT | SÃO FÉLIX DO ARAGUAIA | MT |
| COCALINHO | MT | SÃO JOSÉ DO XINGU | MT |
| CONFRESA | MT | SANTA CRUZ DO XINGU | MT |
| CONFRESA | MT | SANTA TEREZINHA | MT |
| NOVA NAZARÉ | MT | SERRA NOVA DOURADA | MT |
| NOVA XAVANTINA | MT | VILA RICA | MT |
E sobre o rio Araguaia, no trecho compreendido entre os municípios de Cocalinho (MT), à jusante da difluência com o Rio Javaés, e Santa Terezinha (MT).
(20 - Municípios do MT)