Os limites marítimos da área jurisdicional da Delegacia da Capitania dos Portos em São Francisco do Sul são o Rio Saí-Mirim, ao norte, e o Rio Itapocu ao sul.
Na área jurisdicional, desde 28 de junho de 2019, estão compreendidos os seguinter municípios: Araquari, Balneário Barra do Sul, Garuva, Guaramirim, Itapoá, Joinville, Massaranduba, São Francisco do Sul e Schroeder.
