O Comando do 3º Distrito Naval possui 15 Organizações Militares diretamente subordinadas na área de sua jurisdição.
Órgãos Operativos:
ERMN - Estação Radiogoniométrica da Marinha em Natal
GPTFNNA - Grupamento de Fuzileiros Navais de Natal
COMGPTPATNAVNE - Comando do Grupamento de Patrulha Naval do Nordeste
Meios Operativos:
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P-122 - Navio-Patrulha "Araguari"
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P-41 - Navio-Patrulha "Guaíba"
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P-42 - Navio-Patrulha "Graúna"
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P-75 - Navio-Patrulha "Macau"
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P-40 - Navio-Patrulha "Grajaú"
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R-23 - Rebocador de Alto-Mar "Triunfo"
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P-43 - Navio-Patrulha "Goiana"
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Órgãos de Apoio:
BNN - Base Naval de Natal
CeIMNa - Centro de Intendência da Marinha em Natal
EAMCE - Escola de Aprendizes-Marinheiros do Ceará
EAMPE - Escola de Aprendizes-Marinheiros de Pernambuco
HNNA - Hospital Naval de Natal
HNRE - Hospital Naval de Recife
Órgãos que exercem Atividades Subsidiárias:
SSN-3 - Serviço de Sinalização Náutica do Nordeste
Meio Operativo:
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Navio Hidrográfico Balizador "Comandante Manhães"
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CPAL - Capitania dos Portos de Alagoas
Agência:
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AgPenedo - Agência Fluvial de Penedo
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CPCE - Capitania dos Portos do Ceará
Agências:
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AgCamocim - Agência da Capitania dos Portos em Camocim
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AgAracati - Agência da Capitania dos Portos em Aracati
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CPPB - Capitania dos Portos da Paraíba
CPPE - Capitania dos Portos de Pernambuco
CPRN - Capitania dos Portos do Rio Grande do Norte
Agência:
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Agência da Capitania dos Portos em Areia Branca
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