Pelo Decreto-lei nº 4.358 de 05 de junho de 1942 foi criado o Comando Naval de Pernambuco, devido as contingências da última guerra mundial, iniciada na Europa, e logo sentida a importância do Teatro de Operações do Nordeste. Instalado inicialmente nas dependências da Capitania dos Portos de Pernambuco, a área de jurisdição do Comando Naval de Pernambuco compreendia os estados de Alagoas, Pernambuco, Paraíba, Rio Grande do Norte e Ceará, com sede em Recife. Em agosto desse mesmo ano, pelo Decreto-lei nº 10.359, o Comando Naval de Pernambuco passou a se chamar Comando Naval do Nordeste, sendo transferido para o segundo andar do prédio da fiscalização do Porto de Recife, situado na Av. Alfredo Lisboa.
O Contra-Almirante JOSÉ MARIA NEIVA, foi o primeiro Comandante do Comando Naval de Pernambuco, para qual foi nomeado pelo Decreto n° 904-A de 5 de junho de 1942 e exonerado pelo Decreto n° 616-D, de 24 de março de 1944.
Com a exoneração do Contra-Almirante JOSÉ MARIA NEIVA, foi designado para substituí-lo, o Contra-Almirante DURVAL DE OLIVEIRA TEIXEIRA, nomeado para a função pelo Decreto n° 616-E, de 24 de março de 1944 e exonerado pelo Decreto n° 1.458 de 26 de outubro de 1945.
Em 16 de novembro de 1945, o Contra-Almirante João Duarte, assumiu interinamente o cargo de Comandante do Comando Naval do Nordeste para o qual foi nomeado, pelo Decreto n° 1458-B de 26 de outubro de 1945, tendo recebido do Capitão-de-Fragata, JOSÉ ESPINDOLA, Comandante da Base Naval do Nordeste.
Em 19 de novembro de 1945, pelo Decreto-lei nº 8.181 o Território Nacional é dividido para efeito de Defesa e Segurança Nacional, em Distritos Navais, e o Comando Naval do Nordeste passou a se chamar Comando do 3º Distrito Naval, com sua área de jurisdição sobre os estado do Ceará, Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Ilhas Rocas e Penedos de São Pedro e São Paulo, com sede em Recife.
Em 7 de dezembro de 1945, o Decreto n° 1.700-R, nomeia o Contra-Almirante JOÃO DUARTE para exercer em definitivo o cargo de Comandante do 3° Distrito Naval, sendo exonerado pelo Decreto n° 1946-B, de 3 de outubro de 1946.
Em 1946 o Comando do 3º Distrito Naval transferiu-se para prédio próprio, com três pavimentos, localizado na Praça Arsenal de Marinha, no bairro do Recife.
Em 10 de maio de 1966, pelo Decreto-Lei nº 58.386, é modificada a área de jurisdição do Comando do 3º Distrito Naval, passando a ser os estados do Maranhão, Piauí, Ceará, Rio Grande do Norte, Paraíba, Pernambuco, Alagoas, Território de Fernando de Noronha, Ilhas Rocas e os Penedos de São Pedro e São Paulo, com sede em Recife.
Em 2 de Outubro de 1975, pelo DECRETO nº 76374 é transferida a sede do 3º Distrito Naval de Recife, Estado de Pernambuco, para Natal, Estado do Rio Grande do Norte.
Em 15 de Julho de 1976, foi efetivada a transferência para Natal, instalando-se em prédio adquirido à Universidade Federal do Rio Grande do Norte, localizado na Av. Hermes da Fonseca, nº 780, bairro do Tirol.
Em 25 de Maio de 2016, o Comando do 3º Distrito Naval mudou-se para sua Nova Sede, situada na Rua Coronel Flamínio s/n, no bairro de Santos Reis, em Natal/RN.