A Junta Regular de Saúde realiza o atendimento pericial aos militares da ativas nos casos de controle peródico ou de inspeções eventuais. Atende os servidores civis em inspeções eventuais e os militares inativos, pensionistas e servidores civis no caso de inspeções para benefício pecuniário.

A Junta Superior de Saúde realiza o atendimento, em grau de recurso, a processos indeferidos pela Junta Regular de Saúde ou por declínio de competência desta.