De acordo com o Regulamento para as Capitanias dos Portos, Capitanias Fluviais, Delegacias e Agências, aprovado pela Portaria nº 0004 de 31 de janeiro de 2000 do Comando de Operações Navais tem como missão esta Capitania contribuir para a orientação, coordenação e controle das atividades relativas à Marinha Mercante e organizações correlatas, no que se refere à Segurança da Navegação, Defesa Nacional, Salvaguarda da Vida Humana e prevenção da poluição hídrica.

Para o cumprimento da sua missão, cabe à Capitania as seguintes tarefas:

I - Principais

• a) cumprir e fazer cumprir a legislação, os Atos e Normas, Nacionais e Internacionais, que regulam os Tráfegos Fluvial e Lacustre;
• b) exercer a fiscalização dos serviços de Praticagem;
• c) exercer a fiscalização para o Tráfego Aquaviário através de Inspeções Navais e Vistorias;
• d) instaurar e conduzir Inquéritos Administrativos referentes aos fatos e acidentes de navegação;
• e) auxiliar o serviço de Salvamento Fluvial;
• f) concorrer para a manutenção da Sinalização Náutica;
• g) coordenar, controlar e ou ministrar Cursos do Ensino Profissional Marítimo;
• h) executar, quando determinado, atividades atinentes ao Serviço Militar; e
• i) apoiar o pessoal militar da Marinha e os seus dependentes, quanto a pagamento, saúde e Assistência Social e, no que couber, o Pessoal Civil da Marinha e seus dependentes, quando não competir à outra Organização Militar da Marinha.

Em situação de conflito, crise, estado de sítio, estado de defesa e em regimes especiais, cabe a esta Delegacia as tarefas concernentes à mobilização e à desmobilização atribuídas pelas Normas e Diretrizes referentes à Mobilização Marítima e as emanadas pelo Comandante do 8º Distrito Naval.

II - Secundárias

• a) receber e apoiar unidades e pessoal da MB a serviço ou em visita à jurisdição;
• b) apoiar operações de exercícios militares da MB realizadas na jurisdição;
• c) desenvolver palestras, painéis, exposições e outras atividades divulgadoras da MB para o público externo;
• d) participar de eventos comunitários;
• e) promover cerimônias alusivas às efemérides navais; e
• f) administrar Próprios Residênciais;
• g) ministrar adestramento para a guarnição através do cumprimento do Plano de Adestramento, com aulas sobre assuntos de várias especialidades, assuntos referentes a Diretorias Especializadas, além de exercícios de Treinamento Físico Militar, Ordem Unida, Tiro e outros dentro do Plano Geral de Adestramento do Com8ºDN.

A Capitania Fluvial do Rio Paraná têm o propósito de contribuir para a orientação, coordenação e controle das atividades relativas à Marinha Mercante e organizações correlatas, no que se refere à segurança da navegação, defesa nacional, salvaguarda da vida humana e prevenção da poluição hídrica, causada por embarcações.
Para a consecução de seus propósitos, cabe à Capitania e sua Delegacia subordinada as seguintes tarefas:

• I – cumprir e fazer cumprir a legislação, os atos e normas, nacionais e internacionais, que regulam os tráfegos fluvial e lacustre;
• II – realizar inspeções navais e vistorias;
• III – instaurar e conduzir Inquéritos Administrativos referentes aos fatos e acidentes de navegação;
• IV – auxiliar o salvamento fluvial e lacustre;
• V – concorrer para a manutenção da sinalização náutica;
• VI – coordenar, controlar e ministrar cursos do Ensino Profissional Marítimo (EPM);
• VII – executar atividades atinentes ao Serviço Militar; e
• VIII – apoiar o pessoal militar da Marinha e seus dependentes, quanto a pagamento, saúde e assistência social e, no que couber, o pessoal civil e seus dependentes.

Cabe ainda à Capitania Fluvial do Rio Paraná as seguintes tarefas:

• I - adotar providências de caráter administrativo necessárias à uniformidade e padronização de procedimento nas atividades envolvendo a representação da MB na área de sua jurisdição;

• II - adotar as providências de caráter militar destinadas a prevenir, controlar e reprimir perturbações à normalidade das atividades da Capitania e Delegacia subordinada e do pessoal militar e civil da MB, servindo ou em trânsito na área de jurisdição; e

• III - coordenar as atividades das OM da localidade na execução das seguintes tarefas de responsabilidade dos Comando do Quinto Distrito Naval:
  - concorrer para a manutenção da Segurança Interna em coordenação com as demais Forças Singulares;
  - apoiar o pessoal militar e civil da Marinha e seus dependentes;
  - colaborar com as atividades de Defesa Civil;
  - estimular e apoiar as atividades de interesse do Poder Marítimo; e
  - orientar, coordenar, e controlar as atividades de Assistência Cívico-Social às populações ribeirinhas.

Em situação de conflito, crise, estado de sítio, estado de defesa e em regimes especiais, cabe à Capitania Fluvial do Rio Paraná as tarefas concernentes à mobilização e à desmobilização que lhe forem atribuídas pelas Normas e Diretrizes referentes à Mobilização Marítima e as emanadas do Comandante do Quinto Distrito Naval.