Sua área jurisdicional abrange 115.110,7 km2, englobando 47 municípios do Estado da Bahia, e 900 km de extensão do Rio São Francisco, entre Pilão Arcado (BA) e Paulo Afonso (BA).
Subordinado a esta Capitania existe a Agência de Bom Jesus da Lapa (AgBJLapa), com 91 municípios baianos, abrangendo 343.880,3 Km2,, sendo a Capitania Fluvial de Juazeiro (CFJ) subordinada diretamente ao Comando do 2º Distrito Naval (Com2ºDN). A Capitania Fluvial de Juazeiro é o órgão do Comando da Marinha que se destina, prioritariamente, na sua área de jurisdição, a Controlar o tráfego fluvial e lacustre, Contribuir para a defesa da área em parceria com os órgãos competentes do Exército e da Aeronáutica (Defesa dos Portos e Patrulha Naval) e Realizar o socorro fluvial.