A criação das Capitanias dos Portos data do ano de 1845, quando o Imperador, por meio do Decreto nº 358, de 14 de agosto, autorizou o Governo a estabelecer uma Capitania dos Portos em cada Província Marítima do Império. Em 1974, surgiu a necessidade de se distinguir as Capitanias que exercem atividades essencialmente marítimas daquelas voltadas quase que, exclusivamente, para as hidrovias interiores. A Capitania dos Portos do Rio Paraná foi, então, elevada à condição de Capitania de 3ª classe com a nova denominação de Capitania Fluvial dos Portos do Rio Paraná, dando início a essa nova categoria.
O primeiro Regulamento das Capitanias foi aprovado no ano de 1846 pelo Decreto nº 447, de 19MAI, sendo substituído sucessivamente pelos Decretos nº 3.334, de 05JUL1899; nº 3.929, de 29FEV1901; n º 6.617, de 29AG01907; n º 11.505, de 04MAR1915; nº 16.197, de 310UT1923; n º 17.096, de 280UT1925; nº 24.288, de 24MAI1934; nº 220-A, de 03JUL1935; nº 5.798, de 11JUN 1940; nº 50.059, de 25JAN 1961; nº 81.105, de 21DEZ1977; e pela Portaria nº 35, de 18AG01988, do Chefe do Estado-Maior da Armada; pelas Portarias nº 27, de 14MAI1998; nº 4, de 31JAN2000; pela Portaria n º 54, de 31 de agosto de 2011, e pela Portaria nº 135, de 27 de novembro de 2018, do Comandante de Operações Navais.
Em 1913, o Capitão de Mar e Guerra Caio Pinheiro de Vasconcelos criou a Capitania do São Francisco, posteriormente passou à designação de Agência pelo Decreto nº 12.886, de 20 de fevereiro de 1918, mantida na mesma categoria pelo Decreto nº 13.495, de 12 de março de 1919, sendo este o marco inicial, ficando subordinada à Capitania dos Portos da Bahia. Em 1923, a Agência foi elevada à categoria de Delegacia.
Em 1940, pelo Decreto nº 6.530, de 20 de novembro de 1940, foi extinta a então Delegacia, e o mesmo Decreto criou a Agência da Capitania Fluvial dos Portos do Rio São Francisco. Em 1958 foram inauguradas as instalações da antiga Agência, localizadas na Avenida Edson Ribeiro, Centro, Juazeiro-BA. Por intermédio da Portaria nº 0354/1978, e passou a ser subordinada à Capitania dos Portos do Estado da Bahia. Em 1992, após permuta imobiliária com a Prefeitura Municipal de Juazeiro, a Agência da Capitania dos Portos do Estado da Bahia em Juazeiro, foi reinaugurada nas atuais instalações, contemplando no mesmo terreno a residência do Capitão dos Portos, no endereço situado na Rua José Petitinga, nº 606, Santo Antônio, Juazeiro-BA.
Em 27 de março de 1997, por força da Portaria nº 100, do Ministério da Marinha, sua denominação foi alterada para Agência Fluvial de Juazeiro, passando a ser novamente subordinada à Capitania Fluvial do São Francisco. Em 27 de agosto de 2019, por força da Portaria nº 245 do Comandante da Marinha, a antiga Agência Fluvial de Juazeiro e a Agência de Bom Jesus da Lapa passaram à subordinação da Capitania do Portos da Bahia. Em 14 de abril de 2020, por força da Portaria nº 111 do Comandante da Marinha, a Agência Fluvial de Juazeiro foi elevada à categoria de Capitania de 3ª Classe, com a denominação de Capitania Fluvial de Juazeiro, passando a ser subordinada ao Comando do 2º Distrito Naval, tendo a Agência Fluvial de Bom Jesus da Lapa sob sua subordinação.
A jurisdição da Capitania Fluvial de Juazeiro, redefinida pela Portaria nº 1, de 5 de maio de 2021, do Comando de Operações Navais, abrange um total de 47 municípios no Estado da Bahia. Cerca de 900 Km de extensão do Rio São Francisco estão inseridos na sua área de jurisdição, cujos limites são os municípios de Paulo Afonso-BA a montante da Barragem de Itaparica, e Pilão Arcado-BA, situada às margens do Lago de Sobradinho.