A DSM tem o propósito de contribuir para a eficácia do Sistema de Saúde da Marinha.

Cabe à DSM, como Órgão de Direção Especializada, planejar e supervisionar as atividades técnicas e gerenciais do Sistema de Saúde da Marinha.

Como Órgão de Supervisão de Subsistemas, tem a tarefa de supervisionar os Subsistemas Assistencial, Médico-Pericial e de Medicina Operativa.

Como Órgão de execução técnica, realizar a aquisição de equipamentos e material permanente de saúde com símbolo de Jurisdição "L"; e as atividades inerentes à Agência de Catalogação do material de Símbolo de Jurisdição "Q" (medicamentos, artigos de saúde e substâncias e produtos químicos de uso específico da área de saúde).

Em situação de mobilização, conflito, estado de defesa, estado de sítio, intervenção federal e em regimes especiais, cabem à DSM as tarefas que lhe forem atribuídas pelas Normas e Diretrizes referentes à Mobilização Marítima e as emanadas pelo Diretor-Geral do Pessoal da Marinha.