A Capitania dos Portos do Amapá, integra o Sistema de Segurança do Tráfego Aquaviário que abrange todo o território nacional e tem como objetivo estratégico fazer cumprir todos os atos que garantam a segurança Aquaviária. Exerce a fiscalização das atividades da Marinha Mercante, realiza inspeções navais e vistorias, fazendo cumprir todos os atos e normas que regulam o tráfego marítimo, fluvial e lacustre. Apoia o Ensino profissional Marítimo e a manutenção da sinalização náutica bem como a prevenção da poluição hídrica e a salvaguarda da vida humana no mar, assegura a excelência dos serviços organizacionais prestados ao cidadão.

  A jurisdição da CPAP abrange as águas do Rio Amazonas da foz até Almeirim. O rio Xingu, da foz até Vitória do Xingu e o Rio Jari. Abrangendo 25 municípios entre os Estados do Pará e Amapá.

  O serviço de Segurança do Tráfego Aquaviário presta informações, recebimento e entrega de documentos, pedidos de vistorias e despachos, emissão e julgamentos de autos de infração e recursos, emissão de guias para recolhimento bancários, inscrições de embarcações, 2º via de documentos, troca de jurisdição e transferência de propriedade.

  A Capitania dos Portos do Amapá, mantém o serviço de Inspeção Naval constante para garantir a correta aplicação e cumprimento de normas da Autoridade Marítima.