São águas jurisdicionais diretas da CPAP: Rio Amazonas, da foz até Almeirim; Rio Xingu, no município de Porto de Moz; Rio Jari e Rio raguari, e seus afluentes abrangendo as águas jurisdicionais dos municípios a seguir:
Estado do Amapá - Amapá, Macapá, Santana, Cutias do Araguari, Mazagão, Serra do Navio, Ferreira Gomes, Pedra Branca do Amapari, Tartarugalzinho, Itaubal, Porto Grande, Vitória do Jari, Laranjal do Jari e Pracuúba.
Estado do Pará - Afuá, Anajás, Gurupá, Almeirim, Chaves e Porto de Moz

A jurisdição da AgOiapoque abrange 02 municípios do Estado do Amapá: Oiapoque e Calçoene. São águas jurisdicionais diretas da AgOiapoque: Rio Oiapoque e o Rio Calçoene, e seus afluentes abrangendo as águas jurisdicionais dos municípios de Oiapoque e Calçoene.