A Agência da Capitania dos Portos do Estado do Pará e do território Federal do Amapá, fora criada através do Decreto Nº 3.334, de 05 de julho de 1899, e funcionava como uma capatazia em prédio cedido pelo Governo do então Território, situado à Rua Mendonça Furtado S/N. Em 15 de fevereiro de 1957, fora inaugurada sua nova sede na mesma Rua Mendonça Furtado, Nº 43, de onde, posteriormente, teria mudado para a Av. Independência, Nº 146 lá permanecendo até 06 de agosto de 1974, onde fora transferida para um novo prédio situado à Av. Fab, Nº 427. Em 23 de fevereiro de 1989, através da Portaria Nº 0130, era criada a Delegacia da Capitania dos Portos dos Estados do Pará e Amapá em Macapá, classificada como de 2º Classe, permanecendo suas instalações no mesmo prédio, tendo como jurisdição os municípios de Afuá, Amapá, Calçoene, Chaves, Macapá, Mazagão e Oiapoque.

Através da Portaria Ministerial Nº 276/1997, teve sua denominação modificada para Delegacia da Capitania dos Portos em Macapá. Com o crescimento do tráfego aquaviário na região, e a maior concentração de embarcações no município de Santana, decidiu a alta administração naval, transferi-la para aquela localidade. Sendo construído um novo prédio situado à Av. Cláudio Lúcio Monteiro, Nº 2000, Santana - AP, e em 23 de janeiro de 1998, esse prédio foi inaugurado pelo Comandante do 4º Distrito Naval, em cumprimento ao contido na Portaria Ministerial Nº 21/ 1998, recebendo a denominação de Delegacia da Capitania dos Portos em Santana, com jurisdição nos seguintes municípios, de acordo com o fixado através da Portaria Ministerial Nº 0268, de 02 de maio de 1995: Afuá-PA, Calçoene-AP, Cutias-AP, Itaubal-AP, Mazagão-AP, Porto-Grande-AP, Santana-AP, Água Branca do Amapari-AP, Amapari-AP, Chaves-PA, Ferreira Gomes-AP, Macapá-AP, Oiapque-AP, Pracuúba-AP e Tartarugalzino-AP.

Em 19 de novembro de 2009 foi elevada à categoria de Capitania de 2ª classe, pela Portaria nº 378/2009, do Comandante da Marinha. Permanecendo inalterada a sua área de jurisdição.