A Capitania Fluvial de Santarém tem o propósito de contribuir para a orientação, coordenação e controle das atividades relativas à Marinha Mercante e organizações correlatas, no que se refere à segurança da navegação, defesa nacional, salvaguarda da vida humana e prevenção da poluição hídrica. Para consecução de seus propósitos, cabem à Capitania Fluvial de Santarém as seguintes tarefas:

• cumprir e fazer cumprir a legislação, os atos e normas, nacionais e internacionais, que regulam os tráfegos marítimo, fluvial e lacustre;
• fiscalizar os serviços de praticagem;
• realizar inspeções navais e vistorias;
• instaurar e conduzir Inquéritos Administrativos referentes aos fatos e acidentes de navegação;
• auxiliar o serviço de salvamento marítimo; . concorrer para a manutenção da sinalização náutica;
• coordenar, controlar e/ou ministrar cursos do Ensino Profissional Marítimo (EPM); e
• executar, quando determinado, atividades atinentes ao Serviço Militar.