Criada pela Portaria nº 311/MB, de 29 de novembro de 2017, do Comandante da Marinha as obras das instalações da Agência Fluvial foram iniciadas em 24 de novembro de 2014 e concluídas em 06 outubro 2017. O prédio da Agência possui vinte e três compartimentos distribuídos em 433,05 m² e a edificação do Ensino Profissional Marítimo que possui 253,75m² de área construída com sete compartimentos, é dotada de duas salas de aula, refeitório, copa e instalações sanitárias e varanda e tem capacidade para receber 40 alunos e ministrar 2 cursos ao mesmo tempo.

Sediada na cidade de Caracaraí-RR, na avenida Dr. Zany s/n°, a Agência tem o propósito de contribuir para as atividades de segurança do tráfego aquaviário, ensino profissional marítimo, salvaguarda da vida humana e prevenção da poluição hídrica. Possui jurisdição sobre os municípios de Alto Alegre, Amajari, Boa Vista, Bonfim, Cantá, Caroebe, Caracaraí, Iracema, Mucajaí, Normandia, Pacaraíma, Rorainópolis, São João da Baliza, São Luiz e Uiramutã, tendo como principais vias navegáveis os rios Branco, Tacutu, Uraricoera.