O Departamento de Inquéritos e Investigações de Acidentes de Navegação da Diretoria de Portos e Costas também analisa as investigações de segurança de acidentes e incidentes marítimos ocorridos com navios de qualquer bandeira nas águas jurisdicionais brasileiras, em conformidade com o Código de Investigação de Acidentes da Organização Marítima Internacional (IMO). O principal objetivo das investigações de segurança é determinar as circunstâncias e as causas do acidente muito grave ou acidente/ incidente considerado relevante com o propósito de prevenir novos acidentes e incidentes marítimos no futuro.