Buscando aprimorar o Sistema de Ciência e Tecnologia da Marinha, em 31 de março de 2008, por meio da Portaria nº 115/MB, foi criada a SecCTM. Inicialmente subordinada ao Estado-Maior da Armada e chefiada por um Vice-Almirante, centralizou o gerenciamento das atividades de Pesquisa e Desenvolvimento (P&D) das Instituições de Ciência, Tecnologia e Inovação (ICT) da Marinha e passou a ter, sob sua subordinação: o Centro de Análises de Sistemas Navais (CASNAV): o Instituto de Estudos do Mar Almirante Paulo Moreira (IEAPM); e o Instituto de Pesquisas da Marinha (IPqM).
O Decreto nº 7.809, de 20 de setembro de 2012, elevou a Organização ao nível de um Órgão de Direção Setorial (ODS), estabelecendo um novo patamar de atuação da Secretaria que, dentre outros avanços, ampliou a sua visibilidade e a sua atuação face aos demais atores da área de CT&I, no Brasil e no Exterior, bem como aprimorou o controle dos seus Programas e Projetos. Nessa fase materializaram-se: as iniciativas de emprego de melhores práticas gerenciais; o registro de patentes e propriedades intelectuais; e o fortalecimento das parcerias por meio, dentre outras medidas, da ampliação dos Escritórios da MB em algumas Universidades.
Marcando o início do terceiro ciclo de evolução do Setor, hoje, por meio do Decreto nº 8.900, de 10 de novembro de 2016, formaliza-se a alteração da denominação da Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação da Marinha para Diretoria-Geral de Desenvolvimento Nuclear e Tecnológico da Marinha (DGDNTM), e a incorporação das atividades do Programa de Desenvolvimento de Submarinos (PROSUB) e do Programa Nuclear da Marinha (PNM), agregando as Estruturas Organizacionais de Gestão de CT&I da Marinha e de Gestão do PROSUB e do PNM. As principais modificações são decorrentes de um Estudo de Estado-Maior que propôs a Reestruturação do Sistema de CT&I da Marinha, com foco na integração, racionalização, facilidade de interlocução e visibilidade, compreendendo, principalmente: a elaboração de uma Estratégia de CT&I para a Marinha do Brasil; a transferência de subordinação das Organizações que coordenam e executam o PROSUB e o PNM; e a criação do Centro Tecnológico da Marinha no Rio de Janeiro (CTMRJ).
A Estratégia de CT&I da Marinha será elaborada à luz da Política Nacional de Defesa (PND); da Estratégia Nacional de Defesa (END); do Livro Branco da Defesa Nacional (LBDN); da Estratégia Nacional de CT&I do Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovações e Comunicações (MCTIC); e do Plano Estratégico da Marinha (PEM). Orientará as ações no âmbito do Setor, bem como norteará a elaboração do seu decorrente Plano de CT&I, que terá, como foco, as demandas dos Meios Navais, Aeronavais e de Fuzileiros Navais postuladas pelo Comando-Geral do Corpo de Fuzileiros Navais (CGCFN), pela Diretoria-Geral do Material da Marinha (DGMM), pelo Comando de Operações Navais (ComOpNav) e pela Diretoria-Geral de Navegação (DGN), concernentes à Marinha do Amanhã e do Futuro. Ressalta-se que, a partir de hoje, na Marinha, caberá, exclusivamente, à DGDNTM a tarefa de planejar, organizar, dirigir e controlar todas as Atividades Científicas, Tecnológicas e de Inovação, bem como as correspondentes capacitações, de modo a cumprir as deliberações do Conselho de Ciência e Tecnologia da Marinha (CONCITEM).
A incorporação do PROSUB e do PNM ao Setor de CT&I, representada pela transferência de subordinação da Coordenadoria-Geral do Programa de Desenvolvimento de Submarino com Propulsão Nuclear (COGESN) e do Centro Tecnológico da Marinha em São Paulo (CTMSP), da DGMM para a DGDNTM, possibilitará uma distribuição mais homogênea das atribuições de cada ODS. Por outro lado, o Setor de CT&I terá sua abrangência ampliada, absorvendo o principal Projeto Estratégico da Marinha, o do desenvolvimento do Submarino Nuclear, com forte arrasto científico e tecnológico. A partir desta data, a DGDNTM passa a ser a interlocutora da Marinha para todos os assuntos afetos à P&D em CT&I.
A criação do Centro Tecnológico da Marinha no Rio de Janeiro (CTMRJ) foi concebida com o propósito de possibilitar uma gestão mais eficiente e eficaz dos recursos de CT&I da Marinha, buscando os benefícios da integração de especialistas para fazer frente a Projetos mais ambiciosos e desafiadores. Espera-se, ainda, a redução dos custos administrativos e das atividades indiretas, em prol das atividades-fim da nova Organização Militar. O CTMRJ será criado por meio da integração do CASNAV, do IEAPM e do IPqM.
Ressalta-se, ainda, a futura transferência de subordinação do Centro de Coordenação de Estudos da Marinha em São Paulo (CCEMSP), do Comando do 8º Distrito Naval (Com8ºDN) para a nova Diretoria-Geral. O CCEMSP, oportunamente, terá sua denominação alterada para Escritório de Ciência, Tecnologia e Inovação da Marinha em São Paulo (EscCTISP), e se juntará aos demais Escritórios da Marinha existentes nas Universidades Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Federal Fluminense (UFF) e Federal do Rio Grande (FURG).
As transformações que levaram à reformulação do Sistema de C&T da Marinha foram motivadas pela necessidade premente de se racionalizar a alocação de recursos humanos, financeiros e materiais, de modo geral, em toda a Marinha e, em particular, no Setor de CT&I. O planejamento estratégico que levará à ativação do CTMRJ deverá ser, no futuro próximo, aplicado, também, às demais Organizações, visando à completa integração à DGDNTM e ao CTMRJ, bem como ao constante aprimoramento de sua gestão e a racionalização de seus custos.
A nova Diretoria-Geral constituir-se-á não somente pela simples soma dos potenciais das suas Organizações subordinadas, mas, principalmente, pela união dos seus Integrantes, os quais proporcionarão melhores condições para a realização do maior Programa da nossa Marinha na atualidade, o de se obter, por projeto e construção, no País, o primeiro submarino nacional de propulsão nuclear e, adicionalmente, contribuirão para que, cada vez mais os futuros Meios Navais, Aeronavais e de Fuzileiros Navais estejam equipados com tecnologia nacional desenvolvida pelas nossas ICT e industrializadas pelas Empresas Estratégicas de Defesa.