No dia 24 de maio de 2016, o Navio-Patrulha Piratini e o Navio-Patrulha Penedo, Meios subordinados ao Comando da Flotilha de Mato Grosso, realizaram exercício de tiro real na Ilha Tira Catinga, proximidades do quilômetro 1457 do Rio Paraguai, em área sob jurisdição do Comando do 6° Distrito Naval.
O Navio-Patrulha Piratini, subordinado ao Comando da Flotilha de Mato Grosso, embarcou, no período de 25 de abril a 05 de maio, dois militares da Marinha da Alemanha, o Capitão de Corveta (FN) René Sator e o Cabo (FN) André Tafferner, ambos componentes do Seebataillon, batalhão subordinado à Flotilha 1, sediada em Kiel, Alemanha.
A Marinha do Brasil, por meio do Comando do 6° Distrito Naval (Com6ºDN), empregou o Navio de Apoio Logístico Fluvial “POTENGI”, subordinado ao Comando da Flotilha de Mato Grosso, e meios da Agência Fluvial de Porto Murtinho, em operação conjunta com a Policia Militar Ambiental de Mato Grosso do Sul, nas proximidades da Foz e calha do Rio Apa, na fronteira do Brasil com o Paraguai.
Em 28 de março de 2016, os Navios subordinados ao Comando da Flotilha de Mato Grosso suspenderam do Cais do Complexo Naval, em Ladário-MS, para realizar a “Operação Celeiro” no Estado de Mato Grosso. Durante os deslocamentos serão realizadas Patrulha Naval e Inspeção Naval.
O Comando do 6º Distrito Naval, por intermédio da Flotilha do Mato Grosso, promoveu, no período de 24 a 26 de fevereiro, o 2º Simpósio Regional de Patrulha Naval e Inspeção Naval no Complexo Naval de Ladário.
O Navio de Assistência Hospitalar (NAsH) Tenente Maximiano, parceiro na realização do Projeto Ribeirinho Cidadão, que acontece de 12 a 22 de fevereiro no Estado do Mato Grosso, partiu dia 30 de janeiro, do cais da Flotilha de Mato Grosso.
Após oito anos, o Navio-Transporte Fluvial “Paraguassu”, meio subordinado ao Comando da Flotilha de Mato Grosso, voltou a realizar Patrulha Naval/Inspeção Naval e adestramento de navegação no rio Cuiabá.
O Monitor Parnaíba, meio subordinado ao Comando da Flotilha de Mato Grosso, realizou no período de 15 a 18 de outubro de 2015, exercício de tiro de superfície no Morro da Marinha, nas proximidades de Forte Coimbra.
Durante a Operação Ágata 9, diversos meios subordinados ao Comando do 6° Distrito Naval realizam ações na faixa de fronteira. Foram empregados navios do Comando da Flotilha de Mato Grosso, um Grupo Tarefa de militares do Grupamento de Fuzileiros Navais de Ladário, além de embarcações da Capitania Fluvial do Pantanal (CFPN).
