O (Com6ºDN) tem como propósito contribuir para o cumprimento das tarefas de responsabilidade da Marinha, nos Estados de Mato Grosso do Sul e Mato Grosso. Para a consecução do seu propósito, são atribuídas ao Com6ºDN, no que lhe couber, as seguintes tarefas:
I. executar operações navais, aeronavais, de fuzileiros navais e terrestres de caráter naval;
II. apoiar as unidades e forças navais, aeronavais e de fuzileiros navais, subordinadas ou não;
III. contribuir para a segurança do tráfego aquaviário, no que se refere à salvaguarda da vida humana e à segurança da navegação, nas hidrovias interiores, e a prevenção da poluição hídrica por parte de embarcações, plataformas ou suas instalações de apoio;
IV. implementar e fiscalizar o cumprimento de leis e regulamentos nas águas interiores, atuando, quando necessário, em coordenação com outros órgãos do Poder Executivo Federal, Estadual ou Municipal;
V. coordenar e controlar as atividades de patrulha naval, inspeção naval e socorro e salvamento em sua área de jurisdição;
VI. acompanhar o tráfego fluvial e lacustre de interesse;
VII. controlar a movimentação de meios navais, nacionais e estrangeiros, em trânsito;
VIII. cooperar com os órgãos federais, quando determinado, na repressão aos delitos de repercussão nacional ou internacional, quanto ao uso do mar, águas interiores e de áreas portuárias, na forma de apoio logístico, de inteligência, de comunicações e de instrução;
IX. cooperar para a preservação e utilização racional dos recursos do mar, da plataforma continental e das águas interiores;
X. cooperar com o desenvolvimento nacional e a de defesa civil, quando determinado;
XI. atuar, por meio de ações preventivas e repressivas, na faixa de fronteira terrestre e nas águas interiores, independentemente da posse, da propriedade, da finalidade ou de qualquer gravame que sobre ela recaia, contra delitos transfronteiriços e ambientais, isoladamente ou em coordenação com outros órgãos do Poder Executivo, executando, dentre outras, as ações de:
a) patrulhamento;
b) revista de pessoas, de veículos terrestres, de embarcações e de aeronaves; e
c) prisões em flagrante delito.
XII. supervisionar as atividades de assistência cívico-social às populações ribeirinhas;
XIII. concorrer para a garantia da lei e da ordem, conforme determinado, atuando de forma isolada ou em cooperação com as demais Forças Armadas;
XIV. executar atividades de inteligência e contra-inteligência;
XV. supervisionar as medidas de segurança orgânica;
XVI. exercer as atribuições de polícia judiciária militar, atuando junto aos órgãos federais e estaduais, como necessário;
XVII. exercer as atividades inerentes à prestação do serviço militar;
XVIII. apoiar o pessoal militar e civil da Marinha e seus dependentes;
XIX. executar as atividades da fase de preparo estabelecidas no Sistema de Mobilização Marítima;
XX. conduzir as ações de comunicação social;
XXI. exercer as atribuições relativas ao representante da Autoridade Marítima;
XXII. exercer as atribuições relativas ao Setor de Distribuição de Pessoal (SDP) em relação às OM subordinadas;
XXIII. exercer as atribuições relativas à Unidade Jurisdicionada (UJ) apresentadora de contas perante o Tribunal de Contas da União (TCU); e
XXIV. quando ordenado, exercer o Comando de uma Força Naval Componente ou Conjunta subordinada a um Comando Operacional de Teatro de Operações.
Em situação de conflito, crise, estado de sítio, estado de defesa, intervenção federal e em regimes especiais, cabem ao Com6ºDN a implementação dos planos de segurança específicos e as tarefas concernentes à mobilização e à desmobilização que lhe forem atribuídas pelas normas e diretrizes referentes à mobilização marítima e as emanadas pelo Comandante de Operações Navais.