O CEFAN tem como propósito apoiar a elaboração, condução e divulgação da Política de Educação Física e Desportos para a Marinha do Brasil (MB) emanadas pelo CGCFN, bem como apoiar o treinamento dos atletas de Alto Rendimento, dos Projetos Sociais e de base do Programa Olímpico da Marinha (PROLIM), visando especialmente aos Jogos Mundiais Militares e as Olimpíadas; as Organizações Militares (OM) da MB e, de acordo com a disponibilidade das suas instalações, outras Instituições (militares e civis), por meio de parcerias, nas atividades de Educação Física e de Desportos.

Para a consecução do seu propósito, cabem ao CEFAN as seguintes tarefas:
I – atuar como Organização Militar Orientadora Técnica (OMOT) no que concerne às atividades de Educação Física e Desporto, na MB;
II – atuar como OMOT no que concerne às atividades de ensino e cursos na área de Educação Física;
III – selecionar, preparar e assessorar a distribuição de recursos humanos necessários às atividades de Educação Física;
IV – assessorar as OM na aquisição de equipamentos e materiais necessários às atividades de Educação Física na MB;
V – conduzir a Formação Militar Naval dos atletas de Alto Rendimento do PROLIM;
VI – promover a realização de conclaves, congressos, clínicas e simpósios técnicos, para atualização e difusão de novas técnicas de Educação Física;
VII – difundir a atividade física em todas as OM da MB como meio para manutenção da higidez física, da capacitação funcional militar, promoção da saúde e qualidade de vida, além do desenvolvimento de um maior espírito de corpo e confraternização entre militares e civis;
VIII – ministrar as modalidades de cursos estabelecidos pelo Sistema de Ensino Naval (SEN) relativas à Educação Física e ao Treinamento Físico Militar (TFM) de acordo com o Plano Geral de Instrução (PGI);
IX – assessorar a Comissão de Desportos da Marinha (CDM) na indicação de pessoal especializado em Educação Física e do pessoal em condições de ser convocado para as equipes representativas da MB e arbitragens;
X – coordenar a busca de convênios ou apoio de Instituições de Educação Física e Desporto, para a organização e realização de eventos esportivos e/ou desenvolvimento de projetos;
XI – gerenciar os meios disponíveis ao cumprimento das atividades desportivas atinentes à CDM;
XII – apoiar a CDM na execução de eventos desportivos;
XIII – realizar pesquisa científica básica ou aplicada de caráter científico ou tecnológico, visando a melhora do desempenho humano, esportivo e operativo dos militares da MB;
XIV – propor ao CGCFN a atualização das normas que regulamentam a atividade de Educação Física na MB;
XV – propor níveis adequados para o Teste de Avaliação Física Anual (TAF–a) do pessoal militar e Teste de Aptidão Física de Ingresso (TAF–i) para os diferentes processos de admissão, recrutamento e seleção de pessoal da MB;
XVI – supervisionar o TAF–a do pessoal militar e aplicar o TAF–i para os diferentes processos de admissão, recrutamento e seleção de pessoal da MB;
XVII – prestar apoio nutricional, psicológico e social aos atletas da MB e, de acordo com a disponibilidade, aos demais militares;
XVIII – promover a reabilitação físico funcional dos atletas da MB e, de acordo com a disponibilidade, atender aos demais militares da ativa, reserva e seus dependentes; e
XIX – hospedar atletas da MB e, de acordo com as possibilidades e mediante convênios, atletas de outras Forças e Instituições Civis.

Em situação de Mobilização, Conflito, Estado de Defesa, Estado de Sítio, Intervenção Federal e em Regimes Especiais, cabe ao CEFAN as tarefas que lhe forem atribuídas pelas Normas e Diretrizes referentes à Mobilização Marítima e as emanadas pelo Comandante–Geral do Corpo de Fuzileiros Navais (ComGerCFN).