A Diretoria-Geral de Navegação (DGN), com sede na cidade do Rio de Janeiro, foi criada pelo Decreto nº 62.860, de 18 de junho de 1968, que estabeleceu a Estrutura Básica da Organização do Ministério da Marinha. Suas atividades foram regulamentadas pelo Decreto nº 64.463, de 5 de maio de 1969. Revogado o regulamento inicial pelo Decreto nº 97.542, de 28 de fevereiro de 1989, teve um novo regulamento aprovado pela Portaria nº 6, de 9 de março de 1989, do Chefe do Estado-Maior da Armada.

Pela Portaria Ministerial nº 606, de 7 de dezembro de 1995, foi classificada como Organização Militar (OM) sem autonomia administrativa, apoiada em pessoal, material e finanças pelo Comando de Operações Navais. Posteriormente, teve novos regulamentos aprovados pelas Portarias nº 42, de 12 de fevereiro de 1996 e nº 52, de 23 de fevereiro de 1999, do Chefe do Estado-Maior da Armada. Revogada esta última, a DGN passa a ter suas atividades e organização estruturadas pelo presente Regulamento,aprovado pela Portaria nº 4, de 14 de janeiro de 2004, do Chefe do Estado-Maior da Armada.  

Em decorrência da Portaria nº244, de 1º de junho de 2015, do Comandante da Marinha, que classificou a DGN como Organização Militar com autonomia administrativa, a DGN passa a ter suas atividades e organização estruturadas pelo presente Regulamento, aprovado pela Portaria nº 153, de 31 de julho de 2015 do Chefe do Estado-Maior da Armada, que revogou a Portaria nº 4, de 14 de janeiro de 2004, do Chefe do Estado-Maior da Armada. Tal desvinculação fez com que a DGN voltasse a ser dirigida por um Almirante de Esquadra, dedicado exclusivamente ao Cargo. A cerimônia de posse, ocorrida em 3 de agosto, registrou um marco histórico à Marinha do Brasil e, desde então, celebra-se nesta data a recriação deste Órgão de Direção Setorial, em homenagem a todos os ilustres Diretores-Gerais, civis e militares que, ao longo do tempo, vêm contribuindo para a construção da trajetória exitosa de todo o Setor de Navegação.