Inicialmente a Marinha tinha apenas alguns representantes em Presidente Epitácio. Dada a localização geográfica desta cidade e seu ponto estratégico, em 1946 a Marinha instala a Capatazia da Capitania dos Portos do Rio Paraná. Seu funcionamento se deu até 14 de outubro de 1948, quando foi criada a Agência da capitania dos Portos do Rio Paraná, subordinada à Capitania de Santos.

Em 23 de fevereiro de 1989 por meio da Portaria Ministerial nº130, a Agência foi elevada a categoria de Delegacia. Pela Portaria Ministerial nº844 de 27 de dezembro de 1994, a Delegacia da Capitania dos Portos do Estado de São Paulo em Presidente Epitácio, passou a denominar-se Delegacia da Capitania Fluvial da Hidrovia Tietê-Paraná, subordinando-a à Capitania Fluvial da Hidrovia Tietê-Paraná. Pela Portaria Ministerial nº100 de 23 de março de 1997, recebeu a denominação de Delegacia Fluvial de Presidente Epitácio.

A Delegacia possui sob sua jurisdição  79 municípios no Estado de São Paulo.