Para alguns autores, a Perícia Médica teve início em 1209, por Decreto do Papa Inocêncio III, quando o médico passa a ter fé pública nos assuntos concernentes à sua profissão e as perícias passam a ser obrigatórias.

  No âmbito da MB, a história remonta ao século XIX, com registros de perícias médicas realizadas no Arsenal de Marinha do Rio de Janeiro (AMRJ) e a criação, por D. Pedro II, da 1ª Junta Médica da Marinha Brasileira e a regulamentação da Perícia Médica, pelo Ministro de Negócios da Marinha. Há registros que médicos do AMRJ realizavam Inspeções de Saúde de Ingresso e controle de saúde dos seus empregados, por determinação do Imperador.

  Entre as fortalezas da Ilha das Cobras, após a extinção do Hospital Militar da Corte, no Morro do Castelo, surgiu o Hospital Imperial da Marinha da Corte, em 1834. Após várias alteraçõs de nomenclatura, passou a ser chamado de Hospital Central da Marinha, em 1913, que continha, em sua estrutura, um Departamento com a função de coordenação das Juntas de Saúde.

  Ao longo dos séculos, com crescente relevância, a Perícia Médica consagrou-se como ciência, contribuindo para executar dispositivos legais nos âmbitos criminal, civil, administrativo, canônico, desportivo, dentre outros. É de suma importância para os interesses da coletividade, sendo dessa forma, fator de estabilidade social, com foco na justiça social. Em consonância com essa visão, a MB criou, aos 17 dias do mês de abril, do ano de 1995, por intermédio da Portaria Ministerial no 184, o Centro de Perícias Médicas da Marinha (CPMM).