A Flotilha de Mato Grosso recebeu, em 1955, 04 (quatro) EDVP e, em 1970, 04 (quatro) Lanchas-Patrulha (LPPN-10). As embarcações foram distribuídas entre os navios e as Lanchas ficaram diretamente subordinadas ao Comando da Flotilha de Mato Grosso. As primeiras embarcações que foram recebidas para compor o Grupo de Desembarque ficaram sob a responsabilidade dos Comandantes dos Navios, permanecendo atracadas a contrabordo dos mesmos. Em 1972, com o agrupamento das embarcações, iniciou-se a atuação do Grupo de Embarcações de Patrulha e Desembarque da Flotilha de Mato Grosso, como um adendo do ComFlotMT, tendo como primeiro Encarregado, o Comandante do NT Potengi CT Gustavo Benttenmuller Medeiros Pereira. Desde então, exerceram a função de Encarregado diversos oficiais, ainda que na condição de função colateral.

        A partir de 1974, o Grupo de Embarcações de Patrulha e Desembarque foi instalado oficialmente no local onde permanece até hoje, ou seja, em um prédio existente na Praça Marcílio Dias, ao lado do prédio do ComFlotMT.

        Em 29/09/1979 recebeu do Comando de Operações Navais (CON) o código de Organização Militar (OM) e, em 13/02/1985, é criado oficialmente o Grupo de Embarcações de Patrulha e Desembarque (GrEPD), com a missão de apoiar os Navios da Flotilha de Mato Grosso, quando em operações de ACISO, Patrulha Fluvial, Apoio Logístico às Unidades do Exército Brasileiro e nas Operações Ribeirinhas, tendo sido nomeado como primeiro Encarregado, o 1T (QC-CA) Cesario de Pieri Junior.

        Em 15 de julho de 2021, o GrEPD teve sua denominação alterada para Grupo de Embarcações de Operações Ribeirinhas do Mato Grosso (GrEOpRibMT) por meio da Portaria Nº 172 MD/MB, de 07 de junho de 2021, fruto do entendimento da vocação da Organização Militar (OM) para as Operações Ribeirinhas e da importância desta atividade no Pantanal. Adicionalmente a renomeação, neste mesmo dia, foi recebida a Lancha de Operações Ribeirinhas “Cuiabá”, construída no Arsenal de Marinha do Rio de Janeiro (AMRJ), segundo um projeto da BFLa e foi alterado o cargo de encarregado, tendo sido o último o CT Thiago dos Santos Thomaz, para cargo de comandante, tendo sido o primeiro o CT Daniel da Silva Santos Parreira.

        Atualmente, a Organização é composta por um Aviso de Apoio Fluvial (AvApFlu), quatro (EDVP), três Lanchas de Operações Ribeirinhas (LOpRib) Excalibur, todas de projeto e construção da BFLa, e uma (LOpRib) Cuiabá.