A Capitania Fluvial de Tabatinga (CFT), foi criada pelo Decreto n° 65.749 de 1969, ainda Delegacia Fluvial de Tabatinga, subordinada à então Capitania dos Portos dos Estados do Amazonas, Acre, Rondônia e território federal de Roraima. Entretanto, somente foi ativada em 26 de outubro de 1982, pouco antes da fundação do município tabatinguense, pelo então Ministro da Marinha, o Almirante de esquadra Maximiano Eduardo da Silva Fonseca, dando início assim às atividades da Marinha do Brasil nessa importante região do país. O promissor desenvolvimento local e o incremento da atividade fluviária, foram fatores preponderantes para que a Marinha do Brasil, em 29 de janeiro de 2002, de acordo com a Portaria nº 20/MB, elevasse a então Delegacia Fluvial de Tabatinga, a Capitania Fluvial de Tabatinga.