Por meio do Decreto nº 358, de 14 de agosto do ano de 1845, foram criadas as Capitanias dos Portos, quando o Imperador autorizou o Governo a estabelecer uma Capitania dos Portos em cada Província Marítima do Império.

Em 1974, surgiu a necessidade de se distinguir as Capitanias que exercem atividades essencialmente marítimas daquelas voltadas quase que, exclusivamente, para as hidrovias interiores. A Capitania dos Portos do Rio Paraná foi, então, elevada à condição de Capitania de 3ª classe com a nova denominação de Capitania Fluvial dos Portos do Rio Paraná, dando início a essa nova categoria.

O primeiro Regulamento das Capitanias foi aprovado no ano de 1846 pelo Decreto nº 447, de 19 de maio de 1846, sendo substituído sucessivamente pelos Decretos nº 3.334, de 05 de julho de 1899; nº 3.929, de 29 de fevereiro de 1901; nº 6.617, de 29 de agosto de 1907; nº 11.505, de 04 de março de 1915; nº 16.197, de 31 de outubro de 1923; nº 17.096, de 28 de outubro de 1925; nº 24.288, de 24 de maio de 1934; nº 220-A, de 03 de julho de 1935; nº 5.798, de 11 de junho de 1940; nº 50.059, de 25 de janeiro de 1961; nº 81.105, de 21 de dezembro de 1977; e pela Portaria nº 35, de 18 de agosto de 1988, do Chefe do Estado-Maior da Armada; pelas Portarias nº 27, de 14 de maio de 1998; nº 4, de 31 de janeiro de 2000; pela Portaria nº 54 de 31 de agosto de 2011, e pela Portaria nº 135 de 27 de novembro de 2018, do Comandante de Operações Navais.

Com o propósito de contribuir para a salvaguarda da vida humana, segurança da navegação e prevenção à poluição hídrica, foi criada pelo decreto nº 6.530 de 11 de novembro de 1940, a Agência da Capitania dos Portos em Guajará-Mirim que posteriormente, foi transferida para Porto Velho pelo Decreto nº 8.369 de 11 de dezembro de 1941, permanecendo como agência até o ano de 1989, quando foi extinta pelo Decreto nº 97.536 de 21 de fevereiro de 1989.

Considerando a grande importância que a navegação no Rio Madeira representa para a economia da região amazônica, o Ministro da Marinha, por intermédio da Portaria Ministerial nº 0130 de 23 de fevereiro de 1989, criou a Delegacia da Capitania dos Portos dos Estados do Amazonas, Acre, Rondônia e Roraima em Porto Velho. A Portaria Ministerial nº 276 de 19 de setembro de 1997, alterou a denominação da Organização Militar – OM, para Delegacia Fluvial de Porto Velho.

Em 1° de outubro de 2019, o Comandante da Marinha, através da Portaria 281/2019  elevou a Delegacia Fluvial de Porto Velho (DelPVelho) à classificação de Capitania de 2° Classe, com a denominação de Capitania Fluvial de Porto Velho (CFPV), passando sua subordinação  diretamente ao Comando do 9° Distrito Naval.

A partir desta elevação, as Agências Fluviais de Guajará-Mirim, Boca do Acre e Humaitá passaram a ser subordinadas a esta Capitania.

Graças a um trabalho proativo e dedicado, a Capitania Fluvial de Porto Velho recebeu mais uma grande responsabilidade no ano de 2024: recebeu a subordinação da Agência Fluvial de Cruzeiro do Sul, passando a ter quatro agências fluviais subordinadas. A prontidão e profissionalismo alcançam agora 81 municípios da Amazônia Ocidental, com mais de 710 mil quilômetros quadrados de extensão.