No século XVIII, com a descoberta do ouro nas Minas Gerais, o Rio de Janeiro tornara-se o porto mais importante da Colônia. A situação exigia que Portugal prestasse atenção ao Brasil, já que praticamente metade de seu comércio dependia da Colônia. Havia conflito com os espanhóis no Sul. A Europa estava saindo de uma sucessão de guerras em que a Inglaterra, já quase ingressando na chamada Revolução Industrial, saíra vencedora e poderosa, a ponto de Portugal, seu aliado, duvidar de suas intenções com relação ao Brasil.

Em 1763, assumia o governo da Capitania Geral do Rio de Janeiro D. ANTÔNIO ALVAREZ DA CUNHA, o Conde da Cunha, com título e honras de Vice-Rei. Sua missão era fortalecer militarmente a Colônia e, principalmente, o Rio de Janeiro. Entre outras medidas, decidiu fundar um estaleiro. O local escolhido foi a praia, ao sopé do Mosteiro de São Bento, cujos terrenos haviam sido doados ao governo em escritura. Seu nome: Arsenal Real da Marinha.

Para iniciar as atividades do Arsenal, o Conde da Cunha resolveu pela construção de uma Nau que recebeu o nome de “SÃO SEBASTIÃO” (também apelidada de Nau Serpente, em função de sua proa possuir a figura de um dragão) e veio, depois de pronta, prestar serviços por longos anos à Armada Portuguesa. Depois da Nau, lançada ao mar em 1767, a atividade principal do Arsenal foi o reparo e a manutenção dos navios da esquadra real e dos que aportavam no Rio de Janeiro.

O século XX veio encontrar o Arsenal obsoleto. Em vez de conservar a capacidade própria de construir e reparar navios, os primeiros governos republicanos optaram por adquirir navios prontos no exterior. Os Encouraçados “MINAS GERAIS” e “SÃO PAULO”, construídos na Inglaterra, gastaram no exterior o dobro do que com reparos feitos no Rio de Janeiro.

O projeto do novo Arsenal, de 1920, foi revisto em 1926 e sofreu diversas outras modificações, mas 1930 já encontrou o Arsenal funcionando na Ilha das Cobras. Uma nova geração de Engenheiros Navais estava se preparando para levar o Arsenal de Marinha a construções e reparos navais com técnicas mais avançadas.

Para o Brasil da primeira metade do século XX, foi algo grandioso. A maior e mais importante ampliação do Arsenal, nessa época, foi a grande Oficina de Navios de Ferro, que mais tarde passou à Oficina de Trabalhos Estruturais. A atual Oficina de Estruturas era a maior área industrial coberta da América do Sul e o complexo industrial, um dos maiores do país. Um estaleiro que nada tinha a dever aos estaleiros estrangeiros mais adiantados, instalações que quase meio século depois foram perfeitamente adequadas às dimensões da MB.

Para retomar o rumo na construção naval, já no início da década de 60 foi iniciada a construção dos Navios Hidrográficos e dos Navios Patrulha Costeiros, seguidas das construções de duas Fragatas de projeto inglês, marcando uma nova era na construção naval militar. A reparação naval nunca foi posta de lado e é importante assinalar o esforço constante que sempre existiu em toda a vida do AMRJ.

O AMRJ, na década de 80, foi indicado pela MB como o estaleiro construtor de submarinos e, assim, precisou investir no treinamento e capacitação de seus profissionais e na adaptação e modernização de suas instalações industriais. Hoje o AMRJ possui capacitação para construir e reparar meios navais com elevado padrão de qualidade, podendo ser comparado com os maiores estaleiros militares do mundo.