A criação das Capitanias dos Portos data do ano de 1845, quando o Imperador, por meio de Decreto nº 358, de 14 de agosto, autorizou o Governo a estabelecer uma Capitania dos Portos em cada Província Marítima do Império. A Capitania dos Portos da Amazônia Oriental foi criada por Decreto Imperial nº 447 em 19 de maio de 1846, recebendo a denominação de Capitania do Porto da Província do Pará e Amazonas, sendo instalada nas dependências do então Arsenal do Pará, e tendo como titular o Inspetor desse Arsenal.

Àquela época, com as atribuições específicas de polícia naval, conservação do porto, matrícula da gente do mar e tráfego do porto e das costas, praticagem destas e das barras, além de outras, a Capitania do Porto da Província do Pará constituiu-se na entidade administrativa responsável pela disciplina das múltiplas atividades marítimas da região norte do Império, indispensáveis à organização naval e portuária brasileira.

O seu Regulamento, que se constituía em um verdadeiro código para a Marinha Mercante, estava estreitamente ligado à Marinha de Guerra pelo vínculo do interesse da própria defesa nacional. Em 23 de abril de 1868, o cargo de Capitão do Porto foi desvinculado do cargo de Inspetor do Arsenal, sendo a Capitania do Porto instalada fora das dependências do Arsenal, e sendo nomeado como Capitão do Porto o Capitão de Mar e Guerra (Ref.) ANTÔNIO ERNESTO LASSANCE CUNHA.

Em 18 de novembro de 1874, com a criação da Capitania do Porto em Manaus, alterava-se, pela primeira vez, a denominação para Capitania do Porto da Província do Pará, a qual perdurou até o advento da República, quando teve a expressão "da Província" suprimida. Dessa época até os dias atuais, sua denominação foi alterada por três vezes: em 1948 passou a Capitania dos Portos do Estado do Pará e Território Federal do Amapá; em 1989 a Capitania dos Portos dos Estados do Pará e Amapá; e, em 19 de setembro de 1997, a Portaria Ministerial Nº 276 deu a sua denominação atual de Capitania dos Portos da Amazônia Oriental (CPAOR).

Tendo sempre sob sua jurisdição uma extensa área geográfica, a Capitania dos Portos tinha para auxiliá-la em suas atividades diversas Agências e Capatazias espalhadas pelos municípios da área de jurisdição. Essas Agências e Capatazias foram criadas e extintas no decorrer dos anos. Já foram subordinadas à CPAOR a Delegacia da Capitania dos Portos em Santana, que em 19 de novembro de 2009, foi elevada à categoria de Capitania de 2ª classe, pela Portaria nº 378/2009, do Comandante da Marinha e a Delegacia Fluvial de Santarém, que foi elevada à categoria de Capitania Fluvial de 2ª classe, através da Portaria nº 285/2011, do Comando da Marinha, com subordinação direta ao Comando do 4º Distrito Naval.

Hoje, a CPAOR possui uma área de jurisdição com 116 municípios e abrange as águas que cortam o Estado do Pará, limitadas pelos Estados do Amapá, Maranhão, Mato Grosso e Tocantins. São águas jurisdicionais diretas da CPAOR: rio Pará e seus afluentes, rio Tocantins (até Marabá), rio Araguaia (até São Domingos do Araguaia) e Região dos Estreitos.