A BACS tem o propósito de contribuir, prioritariamente, para o aprestamento dos meios navais subordinados ao comando da Força de Submarinos e o apoio aos estabelecimentos componentes dessa Força e, de forma complementar, para os demais meios navais da MB.

Para a consecução de seu propósito, cabem à BACS as seguintes tarefas:

I - prover facilidades de atracação e apoio administrativo aos navios subordinados ao Comando da Força de Submarinos;

II - prover serviços de manutenção e reparo, a nível de 2º escalão, aos navios subordinados ao Comando da Força de Submarinos, compatíveis com as facilidades disponíveis, com prioridade para os submarinos;

III - prover apoio administrativo e facilidades logísticas ao Comando da Força de Submarinos e às OM de terra a ele subordinadas;

IV - prover serviços de manutenção e reparo a nível de 2º escalão aos demais navios da MB, conforme sua capacitação definida pelo EMA-429; e

V - prover serviços de escafandria e de medicina hiperbárica, de acordo com as normas vigentes.

Em situação de mobilização, conflito, estado de defesa, estado de sítio, intervenção federal e em regimes especiais, cabem à BACS as tarefas que lhe forem atribuídas pelas Normas e Diretrizes referentes à Mobilização Marítima e as emanadas pelo Comandante da Força de Submarinos.