A Intendência da Marinha remonta ao Brasil Colônia. Em três de março de 1770, o Rei D. JOSÉ I e o Primeiro Ministro D. SEBASTIÃO JOSÉ DE CARVALHO E MELLO, MARQUÊS DE POMBAL, assinam no palácio de N. S. DA AJUDA, o alvará de criação do Intendente da Marinha no Arsenal da Bahia, "dando procedimentos para a Administração Fazendária da Colônia, e definindo as atribuições da junta da administração da Fazenda na mesma Capitania".
Em 1796, criou-se a nova Real Junta de Fazenda cujo presidente era, sempre, o Ministro e Secretario de Estado da Marinha e domínios ultramarinos.
Dando continuidade à estruturação do Serviço de Intendência na Marinha, foi criada em sete de janeiro de 1797, também, por alvará régio, a função de comissário em cada um dos navios de Guerra, quando armados. Cada Esquadra Portuguesa passou a ter uma Junta Especial de Fazenda, composta do Comandante-em-Chefe e seu Major-General, três Comandantes de navios e do Comissário-Geral. Assim, o Intendente era um administrador especifico, subordinado apenas à Real Junta de Fazenda da Marinha órgão destinado a planejar e fornecer o necessário à construção Naval. Abaixo de si, vinham as juntas especiais das Esquadras com seu comissário-geral e as naus com seus comissários.Com o sucesso destas medidas, foi estendido, em 12 de agosto do mesmo ano, o cargo de Intendente da Marinha e seus Armazéns Reais a todos os Arsenais de Marinha das capitanias da América.
Pelo alvará de 13 de maio de 1808 foi criada a Contadoria da Marinha no Arsenal Real da Marinha - primeira organização militar de intendência -, e os cargos de Contador, Escriturário, Comissário, Escrivão, Almoxarife, Fiel, Pagador e Tesoureiro Geral das Tropas.