A reestruturação do Sistema de Abastecimento da Marinha (SAbM), a partir de 1993, teve similaridade com o planejamento desenvolvido pelo Contra-Almirante (IM) GASTÃO MOTTA que, em 1952, desenvolveu um programa de implantação da DIRETORIA DE INTENDÊNCIA DA MARINHA prevendo a existência, na área do 6º Distrito Naval, de um Depósito Secundário de Contabilidade e Pagamento executando a contabilidade e tomada de contas prévias para as OM da área. A transformação ocorrida, face a evolução tecnológica com os recursos da informática, possibilitou a execução, em grande parte, da política de abastecimento iniciada em 1952, que incluía a existência de um Centro Naval de suprimentos apoiando o 6ºDN. Buscando continuar a reestruturação do SAbM, o Secretário-Geral da Marinha apresentou ao Comandante de Operações Navais um conjunto de metas para o estabelecimento de Centros Regionais de Suprimentos nas atuais estruturas dos Depósitos Secundários, onde além de exercerem o abastecimento de material da linha de fornecimento do SAbM, agregariam as tarefas referentes ao tráfego de cargas e gerência do material empregado em Bases e Estações Navais, também como facilidade adicional, se procederia a centralização local da Obtenção e Execução Financeira. A efetivação das modificações previstas para os DepSec começou a ser desenvolvida por intermédio de experiência piloto em Aratu e em Ladário, com início em junho de 1994. Em agosto de 1994 foi aprovado o Regulamento Provisório para o DepSec Ladário permitindo o funcionamento experimental na condição de OM com semi-autonomia administrativa, executando tarefas das atividades gerenciais do Abastecimento e a centralização da Execução Financeira. A 1º tripulação da OM foi composta por oficiais, praças e civis da área, movimentados para o DepSec. Em março de 1995 as novas instalações do Depósito Secundário de Ladário foram entregues oficialmente pelo Exmo. Sr. Diretor de Abastecimento da Marinha Vice-Almirante (IM) LUIZ HENRIQUE GRIMMER ao Comandante do 6º Distrito Naval de Ladário, Contra-Almirante ANTONIO FERNANDES PEREIRA.
O Depósito Naval de Ladário - DepNavLa foi criado em 12 de maio de 1995, pelo Ministro da Marinha, e ativado em 19 de novembro de 1995, dentro da Estrutura Orgânica do Ministério da Marinha com Autonomia Administrativa, sediado na cidade de Ladário, Estado do Mato Grosso do Sul, subordinado ao Comando do 6º Distrito Naval - Com6ºDN e funcionalmente à Diretoria de Abastecimento da Marinha - DAbM. O Depósito Naval de Ladário passou a contar com uma Organização composta por um Capitão-de-Fragata (IM) no Cargo de Diretor, auxiliado por um Capitão-de-Corveta (IM) como Vice-Diretor. Os serviços a cargo do Depósito Naval de Ladário passaram a ser desenvolvidos por uma Divisão de Abastecimento, uma Divisão de Finanças e uma Divisão de Administração, bem como uma estrutura de Secretaria e de Comunicações necessárias para o desenvolvimento das atividades. O Depósito Naval de Ladário contou com uma estrutura complexa, executando: as fainas de abastecimento de itens da linha de fornecimento do SAbM, POSE, Tráfego de Carga e Fardamento; as fainas de Execução Financeira Centralizada, bem como Obtenção Centralizada; e as fainas de Pagamento Centralizado de Pessoal Militar e Civil da ativa. Com o intuito de se dar continuidade ao legado deixado pelas tripulações anteriores, melhorando ao máximo as instalações do DepNavLa, foi concluído em janeiro de 2011 a revitalização do DepNavLa. As melhorias realizadas foram seguintes: modernização do sistema de refrigeração das frigoríficas; recebimento de uma nova viatura; construção de nova área administrativa; interligação das áreas administrativas e de alojamentos; redesenho das áreas habitáveis; incremento do conforto; construção de nova Sala de Estado.
ALTERAÇÃO DE DENOMINAÇÃO PARA CENTRO DE INTENDÊNCIA DA MARINHA EM LADÁRIO
Com o advento da Estratégia Nacional de Defesa, a Alta Administração Naval entendeu que seria necessária uma reformulação nos moldes dos Depósitos Navais Regionais e, assim, tal reformulação iniciou-se com a mudança de denominação, em 11 de abril de 2011, para CENTRO DE INTENDÊNCIA DA MARINHA EM LADÁRIO, e de seu propósito, para “contribuir para a prontidão dos meios navais, aeronavais e de fuzileiros navais, sediados ou em trânsito em suas respectivas áreas de responsabilidade, bem como dos estabelecimentos de terra por eles apoiados”, pela Portaria nº 121/MB, de 11ABR2011. Em 25 de julho de 2011, foi aprovado pelo Comandante de Operações Navais, o Regulamento dos Centros de Intendência da Marinha, de acordo com a Portaria nº 43/ComOpNav, de 25JUL2011.