A diferença básica entre os dois é que o Colégio Naval é para candidatos com o ensino fundamental completo e nele farão o ensino médio. Já a Escola Naval é para quem tem o ensino médio completo, lá os alunos fazem o nível superior.
Veja mais detalhes nestes links >>> https://www.marinha.mil.br/sspm/colegionaval/colegio_princ