A Pagadoria de Pessoal da Marinha foi criada em 18 de fevereiro de 1997, pela Portaria Ministerial n° 65, com a tarefa de administrar o Sistema de Pagamento de Pessoal da Marinha, no país e no exterior.

As atividades inerentes à PAPEM eram executadas pela Diretoria de Finanças da Marinha que, até a data de criação da PAPEM, era responsável por supervisionar e executar as atividades de pagamento de pessoal. A criação de um Órgão Pagador, além de atender ao princípio de segregação de funções, visava ao aumento da eficiência das atividades de pagamento de pessoal da Marinha.

Em situação de mobilização, conflito, estado de defesa, estado de sítio, intervenção federal e em regimes especiais, cabe à PAPEM as tarefas concernentes à mobilização e à desmobilização que lhe forem atribuídas pelas Normas e Diretrizes referentes à Mobilização Marítima e as emanadas pelo Diretor de Finanças da Marinha.