Para cumprir sua missão, a EGN realiza os seguintes cursos:

•   Curso de Estado-Maior para Oficiais Intermediários (C-EMOI);
•   Curso de Estado-Maior para Oficiais Superiores (C-EMOS);
•   Curso Superior (C-Sup); e
•   Curso de Política e Estratégia Marítima (C-PEM).

Esses cursos são realizados ao longo da carreira do oficial, concorrendo para o desempenho de suas funções nos diversos escalões, até o mais alto grau hierárquico. Esse processo se compõe de várias etapas, correspondentes a cada curso da EGN, abrangendo toda a vida profissional do oficial, a partir do posto de Capitão-Tenente. O último curso, o C-PEM, é realizado por Capitães-de-Mar-e-Guerra e constitui requisito para promoção a Oficial General.

Os currículos dos cursos têm como parâmetros as Diretrizes Básicas da Marinha e a Doutrina Básica da Marinha e são aprovados pelo Estado-Maior da Armada.

O conteúdo das disciplinas aplicadas nos cursos é da responsabilidade das quatro Áreas de Estudo (AE) do Departamento de Ensino:

•   AE I - OPERAÇÕES NAVAIS E JOGOS DE GUERRA;
•   AE II - ADMINISTRAÇÃO E LOGÍSTICA;
•   AE III - POLÍTICA E ESTRATÉGIA; e
•   AE IV - OPERAÇÕES DE FUZILEIROS NAVAIS.

Como forma suplementar de fomentar estudos, pesquisas e o intercâmbio acadêmico, com ênfase no pensamento político-estratégico marítimo brasileiro, a EGN apoia administrativamente o Conselho de Estudos Político-Estratégicos (CEPE), que se tornou um polo irradiador de conhecimentos na área de defesa. O CEPE tem promovido diversos eventos de debates e estudos acadêmicos nas instalações da EGN. Nos últimos dez anos, foram realizados 20 seminários, três simpósios, dois Encontros Nacionais de Estudos Estratégicos (ENEE), cinco ciclos de conferências internacionais e mesas de debates. Adicionalmente, os pesquisadores e membros do CEPE tem apresentado sua produção em diversos fóruns.

As atividades de ensino são apoiadas pelos Departamentos de Recursos Didáticos e de Administração.

O Departamento de Recursos Didáticos (DRD) executa todas as atividades de apoio ao ensino, como a elaboração de recursos necessários às atividades de ensino e a administração da Biblioteca; também, tem sob sua responsabilidade a supervisão e a manutenção da rede de informática. O Departamento de Administração é o setor responsável pelas atividades relacionadas à administração do pessoal, intendência, saúde, material e manutenção das instalações da Escola.