A Capitania dos Portos de Sergipe foi criada com o propósito de contribuir para a orientação, coordenação e controle das atividades relativas à Marinha Mercante e organizações correlatas, no que se refere à segurança da navegação, defesa nacional, salvaguarda da vida humana e prevenção da poluição hídrica

Para a consecução de seus propósitos, realiza as seguintes tarefas:

I - cumprir e fazer cumprir a legislação, os atos e normas, nacionais e internacionais, que regulam os tráfegos marítimo, fluvial e lacustre; II - fiscalizar os serviços de praticagem; III – realizar inspeções navais e vistorias; IV – instaurar e conduzir Inquéritos Administrativos referentes aos fatos e acidentes de navegação; V – auxiliar o serviço de salvamento marítimo; VI – concorrer para a manutenção da sinalização náutica; VII – coordenar, controlar e ministrar cursos do Ensino Profissional Marítimo (EPM); VIII – executar, quando determinado, atividades atinentes ao Serviço Militar; e IX – apoiar o pessoal militar da Marinha e seus dependentes, quanto a pagamento, saúde e assistência social e, no que couber, o pessoal civil e seus dependentes, quando não competir a outra Organização Militar da Marinha.

Parágrafo único - Nos locais em que o Capitão dos Portos é o COMAP, cabe ainda a Capitania as seguintes tarefas:

I adotar providências de caráter administrativo necessárias à uniformidade e padronização de procedimento nas atividades envolvendo a representação da MB na localidade; II – adotar as providências de caráter militar destinadas a prevenir, controlar e reprimir perturbações à normalidade das atividades das OM ali sediadas e do pessoal militar e civil da MB, lá servindo ou em trânsito; e III - coordenar as atividades das OM da localidade na execução das seguintes tarefas de responsabilidade dos Comandos dos Distritos Navais:

- concorrer para a manutenção da Segurança Interna em coordenação com as demais Forças Singulares; - apoiar o pessoal militar e civil da Marinha e seus dependentes; - colaborar com as atividades de Defesa Civil; e estimular e apoiar as atividades de interesse do Poder Marítimo; e - orientar, coordenar, e controlar as atividades de Assistência Cívico-Social às populações ribeirinhas; e, em situação de conflito, crise, estado de sítio, estado de defesa e em regimes especiais, as tarefas concernentes à mobilização e à desmobilização que lhe forem atribuídas pelas Normas e Diretrizes referentes à Mobilização Marítima e as emanadas do Comandante do 2º Distrito Naval.