A Capitania dos Portos de Santa Catarina, tem como missão contribuir para a orientação, coordenação e controle das atividades relativas à Marinha Mercante e organizações correlatas, no que se refere à segurança da navegação, defesa nacional, salvaguarda da vida humana e prevenção da poluição hídrica.

A jurisdição da Capitania dos Portos abrange as águas que banham o litoral Catarinense, limitada ao norte pela linha divisa com o Estado do Paraná, e ao sul pela linha divisa com o Estado do Rio Grande do Sul.