A Capitania dos Portos de Pernambuco foi criada pelo Decreto Imperial nº 447, de 19 de maio de 1846, funcionando inicialmente numa dependência da Intendência da Marinha, a quem ficou subordinada.

Em 1853, tornou-se autônoma, passando a funcionar no torreão octogonal de três pavimentos que existia no Cais da Lingueta (atual Praça Rio Branco ou "Marco Zero").

Em 1857, a Capitania foi instalada, interinamente, em uma sala térrea ao lado do portão do Arsenal de Marinha, mas a partir do ano de 1903, foi transferida para o 1º andar do prédio denominado, Torre Malakoff.

Por meio da Ordem do Dia nº 0057 de 19 de novembro 1976, do Comando do 3º Distrito Naval foi transferida para as atuais instalações, na Rua de São Jorge, nº 25, Bairro do Recife Antigo. Estas edificações abrigaram, anteriormente, a Escola de Aprendizes-Marinheiros de Pernambuco e o Grupamento de Fuzileiros Navais de Recife.

Pelo do Decreto nº 81.591, de 20 de abril de 1978, foi alterada sua denominação de “Capitania dos Portos do Estado de Pernambuco” para “Capitania dos Portos do Estado de Pernambuco e do Território Federal de Fernando de Noronha”.

Em 1989, o Decreto nº 97.537 de 21 de fevereiro altera a nomenclatura de “Capitania dos Portos do Estado de Pernambuco e Território Federal de Fernando de Noronha” para “Capitania dos Portos do Estado de Pernambuco”.

A denominação atual de “Capitania dos Portos de Pernambuco” foi alterada pela Portaria nº276 do Ministro de Estado da Marinha em 19 de setembro de 1997.