O Decreto nº 358, de 14 de agosto de 1845, autorizou o Governo a estabelecer "Capitanias de Portos" nas províncias marítimas do Império do Brasil. Consequentemente, por meio do Decreto nº 1.944, de 11 de julho de 1857, foi estabelecida a criação da Capitania de Portos na província do Ceará, cujas atividades tiveram início num prédio localizado entre as Avenidas Pessoa Anta e Alberto Nepomuceno, onde permaneceu até os idos de 1900.
Entre 1900 e 1923, a Capitania de Portos funcionou num prédio de estilo colonial localizado à Av. Pessoa Anta, próximo à Alfândega de Fortaleza.
No final de 1923, a Capitania de Portos passou a funcionar na Rua Dr. José Avelino, ocupando uma edificação residencial simples, com três portas na frente e um sótão, na qual residia o Capitão dos Portos. Este permaneceu residindo no local não obstante a transferência da Capitania de Portos para a sua próxima sede.
Em 1926, deslocou-se a Capitania dos Portos para um prédio na Avenida Alberto Nepomuceno, onde operou em apenas um compartimento formado por um amplo salão. A partir de 1927, mudou-se para outro prédio na mesma Avenida Alberto Nepomuceno, desta vez no nº 297, lá permanecendo até 1958.
Com a construção da nova sede concluída em 1958, em um terreno doado pelo Ministério da Fazenda, a Capitania dos Portos do Estado do Ceará passou a funcionar em uma edificação pertencente ao então Ministério da Marinha, na Rua Dragão do Mar, 160.
Em 1974, a Capitania passou a ser denominada Capitania dos Portos do Ceará (CPCE).
No dia 9 de fevereiro de 1998, a CPCE foi elevada a Capitania de 1ª Classe.
Em setembro de 2007, foram iniciadas as obras de construção da nova sede da CPCE, no Tombo onde funcionava o Departamento de Segurança do Tráfego Aquaviário (DSTA), situado no Mucuripe. No dia 14 de janeiro de 2010 é inaugurada a nova sede da CPCE, na Avenida Vicente de Castro nº 4917 – Mucuripe.