O Comando da Força de Fuzileiros da Esquadra (ComFFE) possui ao todo 20 Organizações Militares (OM) em sua estrutura organizacional, das quais podemos destacar cinco diretamente subordinadas: o Comando da Divisão Anfíbia, o Comando da Tropa de Reforço, o Batalhão de Operações Especiais (Batalhão Tonelero), a Base de Fuzileiros Navais do Rio Meriti e o Comando da Tropa de Desembarque.

        Além de coordenar as atividades operativas dos Fuzileiros Navais na Marinha do Brasil, o ComFFE é também responsável por coordenar as missões de paz no exterior que envolvam os Fuzileiros Navais. Nos últimos anos seus militares participaram de missões sob a égide da ONU, na cooperação com Órgãos de Segurança Pública, nas Operações de Garantia da Lei e da Ordem (GLO) e nas Operações de Apoio a Defesa Civil.

      Além disso, também é responsável pelas áreas fluvial e lacustre contidas na área terrestre sob sua jurisdição; a área marítima, pertencente à jurisdição brasileira, definida pelas linhas de marcação 109º e 130º, com origem, respectivamente, nos pontos do litoral brasileiro das divisas entre os estados da Bahia - Espírito Santo e São Paulo – Paraná, exceto o mar territorial no Estado de São Paulo.

     Comando de área da Marinha do Brasil, com sede em Belém. Correspondendo a 23% do território nacional e possuindo cerca de três mil milhas de vias fluviais navegáveis, a área sob jurisdição do Com4ºDN tem importância estratégica acentuada pelo fato de fazer limite com três países da América do Sul (Guiana Francesa, Suriname e Guiana) e Compreende os Estados do Amapá, Pará, Piauí, e praticamente todo o Estado do Maranhão. A região abriga significativos estoques de reservas minerais e hídricas e abundante e ambicionada biodiversidade. Em sua malha hidrográfica, o grande eixo estratégico é representado pela hidrovia Amazônia -Solimões, que permite durante todo o ano a chegada de navios de até 10 metros de calado à Manaus e de até 4,5 metros à Tabatinga.

    Comando de área da Marinha do Brasil, com sede em Brasília, que tem sob sua jurisdição a área terrestre do Distrito Federal e dos Estados de Goiás e Tocantins, e as hidrovias do rio Araguaia e demais bacias fluviais, lagos e lagoas na área terrestre sob sua jurisdição.

    O Comando do 9º Distrito Naval, com sede em Manaus, é a presença da Marinha na Amazônia. Tem sob sua jurisdição toda a área da Amazônia Ocidental.

   Esta Organização Militar tem por finalidade coordenar e planejar missões especiais para o Setor Operativo, com a finalidade de contribuir para o aprestamento e o emprego das Forças Navais, Aeronavais e de Fuzileiros Navais da Marinha do Brasil.