No contexto da Guerra da Tríplice Aliança (1864-1870), quando Brasil, Argentina e Uruguai aliaram-se para enfrentar as forças paraguaias de Francisco Solano López, a Esquadra brasileira figurou como elemento fundamental para o triunfo aliado.

Praticamente toda composta por navios brasileiros, a Esquadra Aliada ficou, em um primeiro momento, sob o comando do então Vice-Almirante Joaquim Marques Lisboa, Visconde de Tamandaré, que exerceu, concomitantemente, o Comando em Chefe da Esquadra brasileira em operações na Guerra da Tríplice Aliança e o comando da Primeira Divisão da Esquadra Aliada, deixando, de início, a Segunda e Terceira Divisões sob as ordens do Chefe de Divisão José Segundino Gomensoro, que logo passou o comando da Segunda Divisão da Esquadra ao Chefe de Divisão Francisco Manoel Barroso da Silva.

Dotada de navios de maior calado, a Esquadra brasileira encontrava dificuldades para atuar em águas menos profundas, justamente onde as forças paraguaias concentravam suas defesas e onde seus navios; de menor calado e, portanto, mais indicados para manobrar nas partes mais rasas dos cursos d'água; buscaram dar combate às forças navais brasileiras.

Entretanto, no dia 11 de junho de 1865, nas águas do Rio Paraná, na altura do arroio Riachuelo, a Divisão Naval comandada pelo Chefe Barroso, composta pelos seguintes navios: Fragata Amazonas; Corvetas Parnaíba, Jequitinhonha, Beberibe e Belmonte; e Canhoneiras Iguatemi, Araguari, Mearim e Ipiranga; alcançou uma importante vitória. A coragem de Barroso, ao lançar a Fragata Amazonas, sua capitânia, contra os navios paraguaios, e sua arrojada convocação às tripulações brasileiras a combater o mais próximo possível dos inimigos, de modo a anular a vantagem dos canhões paraguaios nas margens, resultaram no quase aniquilamento da Marinha paraguaia.

Assim, foi decisivo o triunfo da Divisão comandada pelo Chefe Barroso na Batalha Naval do Riachuelo, pois, ademais de, praticamente, eliminar a Marinha inimiga, conferiu o controle daquele rio, conquistado pela Esquadra brasileira após a vitória, comprometendo, seriamente, o abastecimento e a logística das tropas de Solano López, fator decisivo para o êxito final das forças aliadas,.

A experiência do combate em Riachuelo contribuiu para que a Marinha Imperial incorporasse, rapidamente, novas tecnologias e embarcações à Esquadra brasileira, notadamente os navios encouraçados e os Monitores, fundamentais para as forças aliadas, durante os desdobramentos do conflito.

Tamandaré exerceu o comando da Esquadra Aliada e o Comando em Chefe da Esquadra brasileira em operações na Guerra da Tríplice Aliança até 1866, quando foi sucedido pelo Vice-Almirante Joaquim José Ignácio, futuro Visconde de Inhaúma, que, somente em 1869, em razão de grave enfermidade, deixou o comando às ordens do Chefe de Esquadra Elisiário Antônio dos Santos, que o exerceu até o fim da guerra.