Com o aprofundamento da crise entre o então Reino do Brasil e Portugal, o único caminho viável para alcançar a Independência em todo o território era o mar. A rápida organização da Marinha Imperial, dotada de navios de guerra bem armados, poderia impedir a chegada de reforços portugueses ao Brasil e dar combate às suas tropas no litoral, além de transportar soldados e suprimentos para apoiar a luta pela Independência em terra.

Nesse contexto, a constituição de uma Esquadra, um conjunto de navios de guerra sob comando unificado, se mostrou fundamental para assegurar a consolidação da Independência e a manutenção da unidade territorial do Brasil, haja vista os principais núcleos populacionais do Brasil à época estarem situados no litoral, isolados da capital do novo Império.

Assim, foram tomadas as primeiras ações no sentido de compor e organizar a Marinha Imperial, tanto no que afeta aos meios navais quanto às suas tripulações, com destaque para a imediata incorporação de navios portugueses deixados nos portos nacionais àquela que seria a Esquadra brasileira, entre os quais estavam as Fragatas União (rebatizada, posteriormente, como Piranga) e Real Carolina (rebatizada, Paraguaçu), além das Corvetas Maria da Glória e Liberal. Houve ainda um esforço para aquisição de alguns navios, como os Brigues Maipu e Nightingale, rebatizados Caboclo e Guarani, nesta ordem, além do intenso trabalho realizado no Arsenal de Marinha da Corte (atual Arsenal de Marinha do Rio de Janeiro) para recuperar muitos daqueles navios portugueses, dado seu mau estado de conservação, com destaque para a Nau Martin de Freitas, rebatizada Pedro I e tornada o primeiro navio capitânia da nova Esquadra, ainda em formação. Foi a bordo desse navio que, em 10 de novembro de 1822, houve a solenidade de içamento, pela primeira vez, do Pavilhão Nacional criado após a Independência. Data essa considerada como a da criação da Esquadra Brasileira.

Com poucos brasileiros natos nos corpos de oficiais e praças, a solução foi a contratação de europeus, especialmente britânicos, haja vista a desmobilização das forças militares europeias com o fim das Guerras Napoleônicas. Nesse sentido, em março de 1823, Thomas Cochrane, oficial de marinha britânico, assumiu o Comando em Chefe da Esquadra brasileira com o posto de Primeiro-Almirante.

A 1º de abril de 1823, a Esquadra brasileira, já sob o comando de Thomas Cochrane, embarcado na Nau Pedro I, deixava a Baía de Guanabara com o objetivo de estabelecer o bloqueio naval de Salvador, onde os portugueses haviam melhor reforçado suas guarnições. Após o primeiro combate aos navios portugueses, em 4 de maio, a Força Naval brasileira recebeu reforços e, a 13 de maio, retomou o bloqueio. Pressionados pelo desabastecimento, em 2 de julho, as tropas portuguesas abandonaram Salvador em um comboio de, aproximadamente, setenta embarcações.

A Esquadra passou então a perseguir o comboio português a fim de impedir que desembarcassem em outras localidades do território brasileiro, além de capturar o maior número de navios, tropas e equipamentos militares. Após alguns dias, Cochrane incumbiu o Capitão de Fragata John Taylor, ao comando da Fragata Niterói, de seguir com a perseguição, o que cumpriu até as proximidades da foz do Rio Tejo, quando foi informado sobre a chegada dos navios remanescentes do comboio à Lisboa. Nessa missão, a Fragata Niterói foi responsável pela captura de cerca de dois mil soldados e mais de uma dezena de navios.

Após submeter Salvador, o governo brasileiro direcionou suas forças para outras províncias do Norte e a Cisplatina. No Maranhão, onde uma Junta Governativa se mantinha leal a Portugal e a cidade de São Luís estava sitiada por tropas favoráveis à Independência. Cochrane, utilizou-se da presença da Nau Pedro I e da vitória em Salvador para alcançar a deposição da junta governativa e submeter o Maranhão, o que, de fato, ocorreu em 27 de julho de 1823.

Por ordem de Cochrane, estratégia semelhante foi adotada no Pará, para onde foi enviado o Capitão-Tenente John Pascoe Grenfell, ao comando do Brigue Maranhão, com cartas do Primeiro Almirante comunicando à Junta Governativa a adesão do Maranhão à Independência e o bloqueio naval a Belém. Em 15 de agosto de 1823, a Província do Pará também declarava sua adesão ao Império.

Na Província Cisplatina, último reduto da resistência portuguesa, com a cidade de Montevidéu cercada por tropas leais ao Imperador, ainda em março de 1823 as Forças Navais brasileiras, sob o comando do Capitão de Mar e Guerra Pedro Antônio Nunes, já bloqueavam a cidade. Após a tentativa fracassada da Força Naval portuguesa em romper o bloqueio naval brasileiro, o desabastecimento provocado pelo cerco resultou na rendição do efetivo português, em 18 de novembro de 1823, e a consequente evacuação de todo contingente português do território brasileiro.